用于癌症预后和治疗的方法和组合物.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107208138A(43)申请公布日2017.09.26(21)申请号201580070110.8(74)专利代理机构北京坤瑞律师事务所11494(22)申请日2015.12.29代理人岑晓东(30)优先权数据(51)Int.Cl.62/098,0552014.12.30USC12Q1/68(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日2017.06.21(86)PCT国际申请的申请数据PCT/US2015/0678782015.12.29(87)PCT国际申请的公布数据WO2016/109546EN2016.07.07(71)申请人豪夫迈·罗氏有限公司地址瑞士巴塞尔(72)发明人L·莫利内罗P·赫格德权利要求书5页说明书236页附图49页(54)发明名称用于癌症预后和治疗的方法和组合物(57)摘要本发明提供使用一种或多种免疫细胞基因签名和/或免疫细胞基因签名的组合的表达水平作为选择标准为免疫疗法的治疗选择具有癌症的患者的方法。本发明进一步提供用于选择可能受益于特定免疫疗法，诸如激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法的具有癌症的患者，并对该患者施用该激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法以治疗该癌症的方法。CN107208138ACN107208138A权利要求书1/5页1.一种为免疫疗法的治疗选择具有癌症的患者的方法，该方法包括测定自该患者获得的生物学样品中免疫细胞基因签名的表达水平，该免疫细胞基因签名包含下面的基因中的一项或多项：CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1；FOXP3；MS4A1或CD48；CD79A，MS4A1，CD19，STAP1，KIAA0125，POU2AF1，或FCRL5；NCAM1或NKP46；KLRC3，KLRK1，KLRC2，或KLRD1；ITGAM，ITGAX，CD1C，或CLEC4C；CD68，CD163，ITGAM，ITGAX，或CD14；LAPTM5，LAIR1，CD4，CSF1R，CD163，ADAP2，CD68，MRC1，CD45RO，SLA，MSR1，FPR3，FCGR2A，或FCGR3A；IL17A或IL17FCCL2，IL1B，IL8，IL6，或PTGS2；CD3D，CD3E，CD2，CD3G，CD6，TRAT1，CD28，或LCK；CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，或PDCD1；CTLA4，BTLA，LAG3，HAVCR2，PDCD1，或TIGIT；CD276，PDL1，PDL2，或IDO1；CD274，PDL2，IDO1，或PVR；CX3CL1，CXCL9，CXCL10，CXCR3，CCL21，或CCL22；CD4，IL2RA，或CD69；TAPBP，TAP1，TAP2，PSMB9，或PSMB8；CD40，CD80，CD86，CD70，或GITRL；CD27，CD28，ICOS，TNFRSF4，TNFRSF14，TNFRSF18，TNFSF14，或CD226；GNLY，KLRK1，KLRB1，GZMH，GZMA，KLRD1，或NKG7；或FAP，FN1，MMP2，BGN，LOXL2，PDPN，PDGFRB，COL4A1，COL4A2，COL5A1，或COL8A1，其中该免疫细胞基因签名中一种或多种基因的表达水平相对于中值水平的变化为免疫疗法的治疗鉴定患者。2.权利要求1的方法，其进一步包括告知该患者他们具有升高的可能性对该免疫疗法是响应性的步骤。3.权利要求1或2的方法，其进一步包括对该患者提供特定免疫疗法的推荐的步骤。4.权利要求1-3任一项的方法，其进一步包括如果确定了该患者可能受益于该免疫疗法的话对该患者施用免疫疗法的步骤。5.权利要求1-4任一项的方法，其中该免疫疗法为激活性免疫疗法或阻抑性免疫疗法。6.权利要求1-5任一项的方法，其中CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平与肿瘤微环境中T效应(Teff)细胞的存在有关联。7.权利要求6的方法，其中CD8A，GZMA，GZMB，IFNγ，EOMES，或PRF1中的一项或多项的表达水平升高指示该患者很有可能受益于激活性免疫疗法。2CN107208138A权利要求书2/5页8.权利要求7的方法，其中该激活性免疫疗法包含CD28，OX40，GITR，CD137，CD27，ICOS，HVEM，NKG2D，MICA，或2B4激动剂。9.权利要求1-5任一项的方法，其中FOXP3的表达水平与肿瘤微环境中T调节(Treg)细胞的存在有关联。10.权利要求9的方法，其中FOXP3的表达水平升高指示该患者很有可能受益于阻抑性免疫疗法。11.权利要求10的方法，其中该阻抑性免疫疗法包