用于检测结核分枝杆菌的组合物和方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107922980A(43)申请公布日2018.04.17(21)申请号201680045871.2(74)专利代理机构中国专利代理(香港)有限公(22)申请日2016.08.04司72001代理人梁谋黄希贵(30)优先权数据14/8194272015.08.06US(51)Int.Cl.C12Q1/689(2018.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日2018.02.05(86)PCT国际申请的申请数据PCT/EP2016/0686082016.08.04(87)PCT国际申请的公布数据WO2017/021478EN2017.02.09(71)申请人豪夫迈·罗氏有限公司地址瑞士巴塞尔(72)发明人J.A.约翰逊权利要求书2页说明书19页序列表14页附图5页(54)发明名称用于检测结核分枝杆菌的组合物和方法(57)摘要描述了用于快速检测结核分枝杆菌(MTB)和MTB-复合物的其它成员在生物或非生物样品中的存在或不存在的方法。所述方法可以包括执行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，提供了引物、靶向esxJ基因的探针以及试剂盒，其被设计用于检测MTB。CN107922980ACN107922980A权利要求书1/2页1.一种检测样品中的结核分枝杆菌(MTB)和MTB-复合物的其它成员的方法，所述方法包括：-执行扩增步骤，其包括使所述样品与esxJ引物组接触，如果esxJ核酸存在于所述样品中的话则产生扩增产物；-执行杂交步骤，其包括使所述扩增产物与一种或多种可检测的esxJ探针接触；和-检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示MTB在所述样品中的存在，且其中所述扩增产物的不存在指示MTB在所述样品中的不存在；其中所述esxJ引物组包含第一引物和第二引物，所述第一引物包含选自SEQIDNO:1-9或其互补物的第一寡核苷酸序列，所述第二引物包含选自SEQIDNO:10-21或其互补物的第二寡核苷酸序列；且其中所述可检测的esxJ探针包含选自SEQIDNO:22-40或其互补物的第三寡核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的方法，其中：-所述杂交步骤包括使所述扩增产物与可检测的esxJ探针接触，所述esxJ探针用供体荧光部分和对应的受体部分标记；且-所述检测步骤包括检测所述探针的供体荧光部分和受体部分之间的荧光共振能量转移(FRET)的存在或不存在，其中所述荧光的存在或不存在指示MTB在所述样品中的存在或不存在。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述扩增步骤采用具有5'至3'核酸酶活性的聚合酶。4.根据权利要求2和3中的任一项所述的方法，其中所述供体荧光部分和对应的受体部分是在所述探针上彼此的不超过8-20个核苷酸内。5.根据权利要求2-4中的任一项所述的方法，其中所述受体部分是猝灭剂。6.一种用于检测结核分枝杆菌(MTB)和MTB-复合物的其它成员的核酸的试剂盒，所述试剂盒包含：-第一寡核苷酸引物，其包含选自SEQIDNO:1-9或其互补物的第一寡核苷酸序列；-第二寡核苷酸引物，其包含选自SEQIDNO:10-21或其互补物的第二寡核苷酸序列；且-选自SEQIDNO:22-40或其互补物的第三荧光地可检测地标记的寡核苷酸序列，所述第三可检测地标记的寡核苷酸序列被构造成与由所述第一引物和所述第二引物产生的扩增子杂交。7.根据权利要求6所述的试剂盒，其中所述第三可检测地标记的寡核苷酸序列包含供体荧光部分和对应的受体部分。8.根据权利要求7所述的试剂盒，其中所述受体部分是猝灭剂。9.根据权利要求6-8中的任一项所述的试剂盒，所述试剂盒还包含核苷三磷酸、核酸聚合酶和核酸聚合酶的功能所必需的缓冲液。10.根据权利要求6-9中的任一项所述的试剂盒，其中第一寡核苷酸、第二寡核苷酸和第三寡核苷酸中的至少一种包含至少一个修饰的核苷酸。11.根据权利要求6-10中的任一项所述的试剂盒，其中所述第一寡核苷酸、第二寡核苷2CN107922980A权利要求书2/2页酸和第三寡核苷酸具有40个或更少的核苷酸。12.一种包含寡核苷酸引物组的组合物，所述寡核苷酸引物适合用于从结核分枝杆菌(MTB)和MTB-复合物的其它成员生产一种或多种扩增产物，所述寡核苷酸引物包含-第一寡核苷酸引物，其包含选自SEQIDNO:1-9或其互补物的第一寡核苷酸序列；和-第二寡核苷酸引物，其包含选自SEQIDNO:10-21或其互补物的第二寡核苷酸序列。13.根据权利要求12所述的组合物，所述组合物还包含-选自SEQIDNO:22-40或其互补物的第三荧光地可检测地标记的寡核苷酸序列，所述第三可检测地标记的寡核苷酸序列被构造成与由所述第一引物和所述第二引物产生的扩增子杂交。14.根据权利要求1