遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN108846260A(43)申请公布日2018.11.20(21)申请号201810689069.8(22)申请日2018.06.28(71)申请人北京百迈客生物科技有限公司地址101300北京市顺义区南法信镇顺平路南法信段9号院1幢5层508室(72)发明人郑洪坤许语辉谭云涛刘敏(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王莹李相雨(51)Int.Cl.G06F19/22(2011.01)G06F19/24(2011.01)G06F19/18(2011.01)权利要求书2页说明书8页附图2页(54)发明名称遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置(57)摘要本发明实施例公开一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置，能提高遗传分离群体的遗传图谱构建的准确性以及遗传信息的利用率。方法包括：S1、通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；S2、对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。CN108846260ACN108846260A权利要求书1/2页1.一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法，其特征在于，包括：S1、通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；S2、对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对所述分子标记进行连锁群划分，包括：对于每两个分子标记，根据该两个分子标记可能所属的分型类型构架二维棋盘表；对于每一个二维棋盘表，统计该二维棋盘表的行频数、列频数和总频数，以及该二维棋盘表中每种分型的频数，并基于该二维棋盘表的行频数、列频数和总频数计算所述每种分型出现的理论频数，根据所述每种分型的频数和每种分型出现的理论频数计算独立性检验统计量，根据所述独立性检验统计量计算该二维棋盘表对应的两个分子标记之间的连锁分析mLOD；以每两个分子标记之间的连锁分析mLOD为距离指标，采用分层聚类中的单链接聚类算法对所述分子标记进行连锁群划分。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，包括：根据分子标记之间的重组率确定目的连锁相组合；利用所述目的连锁相组合对所述全基因组上缺失的连锁相组合进行填补，对所述全基因组上错误的连锁相组合进行矫正；依据填补、矫正后所述全基因组上的连锁相组合确定重组断点，根据所述重组断点和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，包括：采用KNN算法对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，包括：对该连锁群内的分子标记进行预设数量次空间抽样，得到多个分子标记集合，其中，所述分子标记集合的数量为所述预设数量，每个分子标记集合包含连锁群内的至少一个分子标记，前一次空间抽样得到的分子标记集合是后一次空间抽样得到的分子标记集合的子集，最后一次空间抽样得到的分子标记集合为该连锁群内的分子标记组成的集合；按照空间抽样顺序，基于纠错的结果采用模拟退火算法和吉布斯抽样方法对每次空间抽样得到的分子标记集合中的分子标记进行排序，其中，后一次空间抽样得到的分子标记集合中的分子标记在前一次空间抽样得到的分子标记集合中的分子标记的排序基础上进行排序。6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述对该连锁群内的分子标记进行预设数量次空间抽样，包括：对于每一个给定的重组率阈值，在该重组率阈值上对该连锁群内的分子标记进行空间2CN108846260A权利要求书2/2页抽样，得到一个分子标记集合，其中，该分子标记集合中任意两个分子标记之间的重组率大于或等于该重组率阈值，给定的重组率阈值的数量为所述预设数量。7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述遗传分离群体为CP性状分离群体。8.一种遗传分离群体的遗传图谱构建装置，其特征在于，包括：划分单元，用于通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得