梅花遗传图谱构建方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局*CN103184277A*(12)发明专利申请(10)申请公布号(10)申请公布号CNCN103184277103184277A(43)申请公布日2013.07.03(21)申请号201110454348.4(22)申请日2011.12.30(71)申请人北京林业大学地址100083北京市海淀区清华东路35号(72)发明人张启翔孙丽丹徐宗大张杰陈晶鑫(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王朋飞王加岭(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)权利要求书1页权利要求书1页说明书9页说明书9页序列表1页序列表1页附图2页附图2页(54)发明名称梅花遗传图谱构建方法(57)摘要本发明提供一种梅花遗传图谱构建方法，其包括如下步骤：1)构建梅花F1代拟测交群体；2)提取父母本及其子代基因组DNA；3)利用限制性内切位点相关的DNA测序方法对父母本及其子代基因组进行重测序，获得符合孟德尔遗传规律的单核苷酸多态性标记；4)根据所获得的单核苷酸多态性标记，应用拟测交策略构建梅花遗传图谱。本发明在克服梅花品种杂交结实率低、育种周期长，构建F1群体困难的基础上，利用RAD的方法和拟测交策略相结合的方法快速构建梅花的遗传图谱程。CN103184277ACN1038427ACN103184277A权利要求书1/1页1.一种梅花遗传图谱构建方法，其包括如下步骤：1)构建梅花F1代拟测交群体；2)提取父母本及其子代基因组DNA；3)利用限制性内切位点相关的DNA测序方法对父母本及其子代基因组进行重测序，获得符合孟德尔遗传规律的单核苷酸多态性标记；4)根据所获得的单核苷酸多态性标记，应用拟测交策略构建梅花遗传图谱。2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，根据作图亲本选配原则，选择结实率高，子房饱满的梅花品种为母本，选择花药饱满，散粉量大，花粉生活力高的梅花品种为父本，在保留母本花萼的情况下，用镊子去雄，采取一次授粉的方法，进行人工杂交选育，用收获的子代构建F1代拟测交群体。3.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，其中父本花药在温度20～25℃，湿度10～40％下，散粉15～20小时，收集花粉。4.根据权利要求2或3所述的构建方法，其特征在于，以‘粉瓣’为母本，以‘扣子玉蝶’为父本进行杂交，构建F1代拟测交群体。5.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，利用限制性内切酶对父母本及其子代基因组DNA进行酶切，利用Solexa方法对纯化的父母本及其子代的酶切片段进行单末端测序，使用SOAPsnp软件获得符合孟德尔遗传规律的单核苷酸多态性标记。6.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，利用卡平方检验作图群体是否符合孟德尔期望分离比为1∶2∶1或1∶1的标记，P＜0.01，过滤掉SNP分子标记中偏分离的标记，利用JoinMap3.0的软件，设置LOD值≥3，构建梅花高密度遗传图谱。2CN103184277A说明书1/9页梅花遗传图谱构建方法技术领域[0001]本发明属于植物基因工程领域，具体涉及一种梅花遗传图谱构建方法。背景技术[0002]梅花(PrunusmumeSieb.etZucc.)是中国目前唯一获得国际品种登录权的植物，虽然近几十年对梅花的研究成绩斐然，在种质资源(包满珠，1993；刘青林，1996；康素红和刘晓祥，1997；张永春和刘小祥，1999)、繁殖生理(胡金良和徐汉卿，1994；徐汉卿和王庆亚，1995；赵守边和刘小祥，1999)等研究领域取得相当的进展，但是在分子育种方面比较滞后。[0003]遗传图谱的构建具有重要的应用价值。分离群体是构建遗传图谱使用的遗传材料，群体亲本的选择直接影响到构建遗传图谱的难易程度及图谱的应用范围。由于农作物育种历史悠久，生长周期短，构建近交系、纯系群体相当容易，但是果树类、林木类等多年生木本植物生长周期长，高度杂合等特点，目前在树木中多利用拟测交策略构建遗传图谱(Weedenetal.1994；Yamamotoetal.2002)。由于梅花分布广、资源变异丰富，不同生态区域的梅花，其遗传基础相差较大，加上梅花起源复杂、有性生殖困难等特性，目前还没有获得一张梅花的遗传图谱，严重限制了梅花的分子育种工作的开展。发明内容[0004]本发明的目的在于提供一种梅花遗传图谱构建方法。[0005]本发明提供的梅花遗传图谱构建方法，其包括如下步骤：[0006]1)构建梅花F1代拟测交群体；[0007]2)提取父母本及其子代基因组DNA；[0008]3)利用限制性内切位点相关的DNA测序方法对父母本及其子代基因组进行重测序，获得符合孟德尔遗传规律的单核苷酸多态性标记；[0009]4)根据所获得的单核苷酸多态性标记，应用拟测交策略构建梅花遗