基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局*CN102492776A*(12)发明专利申请(10)申请公布号CN102492776A(43)申请公布日2012.06.13(21)申请号201110422622.X(22)申请日2011.12.16(71)申请人浙江大学地址310027浙江省杭州市西湖区浙大路38号(72)发明人徐海明余世洲肖炳光马亚楠周佳萍(74)专利代理机构杭州求是专利事务所有限公司33200代理人杜军(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)G06F19/10(2011.01)权利要求书权利要求书4页4页说明书说明书88页页附图附图22页(54)发明名称基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法(57)摘要本发明公布了一种基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法。传统方法遗传基础狭窄，且遗传作图和育种实践不能紧密结合。本发明方法使用四亲本轮回交配群体作为遗传连锁图谱构建的群体，首先对分子标记信息的采集，准备分子标记的电泳实验中点样样品，并对分子标记的电泳实验中m个分子标记的胶带进行观察；然后对分子标记间距离估测，利用最大似然法估测两个分子标记间的重组率r，将重组率r整理成分子标记的距离矩阵；再构建连锁群，最后对连锁群内分子标记顺序排列。本发明利用的四交群体其染色体上具有2～4个等位位点，能较好的遗传差异，增加多态性，从而提高遗传图谱的覆盖率，降低以往所采用方法中所造成的遗传统计上Ⅱ类误差的概率。CN1024976ACN102492776A权利要求书1/4页1.基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法，其特征在于如下步骤：步骤(1).分子标记信息的采集1-1.准备分子标记的电泳实验中点样样品，点样样品包括亲本材料和四交群体材料，亲本材料为四个具有明显遗传差异的亲本P1、P2、P3、P4，以及亲本P1和P2为一组杂交产生F1亲本PA，亲本P3和P4为一组杂交产生F1亲本PB；四交群体材料为F1亲本PA和PB杂交产生；分子标记的数目为m，四交群体个数为n，其中n>=100；1-2.对分子标记的电泳实验中m个分子标记的胶带进行观察；对每一个分子标记都用a、b、c、d表示不同带型，亲本P1的带型记作aa，与亲本P1相同的带型均记为aa；若亲本P2与亲本P1带型不同，则亲本P2带型记作bb；若亲本P3与亲本P1、亲本P2带型均不同，则亲本P3带型记作cc;若亲本P4与亲本P1、亲本P2、亲本P3带型均不同，则亲本P4带型记作dd；1-3.确认亲本PA和亲本PB的带型，若亲本P1与亲本P2带型组合相同，亲本PA的带型为aa，否则记为ab；若亲本P3与亲本P4的带型组合为aa与aa，则亲本PB的带型记为aa；若亲本P3与亲本P4的带型组合为aa与bb，则亲本PB的带型记为ab；若亲本P3与亲本P4的带型组合为bb与aa，则亲本PB的带型记为ab；若亲本P3与亲本P4的带型组合为bb与bb，则亲本PB的带型记为bb；若亲本P3与亲本P4的带型组合为aa与cc，则亲本PB的带型记为ac；若亲本P3与亲本P4的带型组合为cc与aa，则亲本PB的带型记为ac；若亲本P3与亲本P4的带型组合为bb与cc，则亲本PB的带型记为bc；若亲本P3与亲本P4的带型组合为cc与bb，则亲本PB的带型记为bc；若亲本P3与亲本P4的带型组合为cc与dd，则亲本PB的带型记为cd；1-4.确认四交子代个体的带型，四交群体中每个个体用ch表示，a．当亲本PA的带型为aa时，其对应的四交子代个体带型记为a_，其中“_”处的字母由该四交子代个体相对应亲本PB的带型决定；当亲本PB的带型为aa时，“_”处记为a；当亲本PB的带型为ab时，若该四交子代个体的带型和亲本PA的带型相同，则“_”记为a，否则记为b；当亲本PB的带型为bb时，“_”处记为b；当亲本PB的带型为ac时，若该四交子代个体的带型和亲本PA的带型相同，则“_”记为a，否则记为c；当亲本PB的带型为bc时，若该四交子代个体的带型包含记为bb的亲本中的一条带型，则“_”记为b，否则记为c；当亲本PB的带型为cd时，若该四交子代个体的带型包含记为cc的亲本的一条带型，则“_”处记为c，否则记为d；b．当亲本PA的带型为ab时，其对应的四交子代个体的带型如下：当亲本PB的带型为aa时，若该四交子代个体的带型和亲本PA的带型相同，则记为ab，否则记为aa；当亲本PB的带型为ab时，若该四交子代个体与亲本PA和亲本PB的带型相同，四交2CN102492776A权利要求书2/4页子代个体的带型记为ab，若与亲本P1的带型相同，四交子代个体的带型记为aa，否则记为bb；当亲本PB的带型为bb时，若该四交子代个体的带型和亲本PA相同，则四交子代个体的带型记为ab，否则记为bb；当亲本PB的带型为ac时，若该四交子代个