用于鉴定西藏红豆杉的SNP分子标记及应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN109486979A(43)申请公布日2019.03.19(21)申请号201711398246.9(22)申请日2017.12.22(66)本国优先权数据201710814146.32017.09.11CN(71)申请人杭州百迈生物股份有限公司地址311228浙江省杭州市大江东产业集聚区临江高新区纬五路3688号科创园2幢四层(72)发明人林源吉丁佳女郑宜文(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书2页说明书8页序列表2页附图5页(54)发明名称用于鉴定西藏红豆杉的SNP分子标记及应用(57)摘要本发明公开了一种用于鉴定西藏红豆杉的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于SEQIDNO.1所示序列的第314位碱基，若第314位的碱基为A，则鉴定为西藏红豆杉。本发明基于SNP分子标记建立起了快速鉴定西藏红豆杉的体系。从而达到快速、准确检测西藏红豆杉的目的，对于口岸物种检验工作等具有重大的意义。CN109486979ACN109486979A权利要求书1/2页1.用于鉴定西藏红豆杉的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于SEQIDNO.1所示序列的第314位碱基，若第314碱基为A，则鉴定为西藏红豆杉。2.权利要求1所述SNP分子标记在西藏红豆杉鉴定中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，从南方红豆杉、曼地亚红豆杉、欧洲红豆杉、西藏红豆杉、东北红豆杉和云南红豆杉中鉴定出西藏红豆杉。4.用于鉴定西藏红豆杉的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列包括SEQIDNO.1，或者SEQIDNO.1所对应的cDNA或mRNA，所述SEQIDNO.1所示序列的第314位碱基为A。5.一种鉴定西藏红豆杉的试剂盒，其特征在于，包括用于特异性检测SEQIDNO.1序列第314位的碱基为A存在与否的一种或多种引物，或引物和探针的组合。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述引物和探针选自：用于测序鉴定的特异性扩增引物F1、R1和测序引物，引物序列分别为上游引物F1：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'下游引物R1：5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'测序引物：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'或者，用于荧光定量PCR检测的扩增特异性引物和探针，引物和探针序列分别为：上游引物F2：5'-TGGGTGCACCAGCGACTC-3'下游引物R2：5'-CTGCTTTGCAGACCGGCA-3'探针P2：5'-TCGAAGGGTCCCAGAAATTTCCACCT-3'；或者，用于ARMS-PCR检测的特异性扩增引物，引物序列为：上游引物F3：5'-CGGTCGAAGGGTCCCTGA-3'下游引物R3：5'-GCCCGGCGACACTTCA-3'。7.根据权利要求5至6之一所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒用于从南方红豆杉、曼地亚红豆杉、欧洲红豆杉、西藏红豆杉、东北红豆杉和云南红豆杉中鉴定出东北红豆杉。8.一种制备鉴定西藏红豆杉试剂盒的方法，包括制备检测反应试剂的步骤，其特征在于，所述反应试剂包含用于特异性检测SEQIDNO.1序列第314位的碱基为A存在与否的一种或多种引物，或引物和探针的组合。9.用于鉴定西藏红豆杉的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸用于特异性检测SEQIDNO.1序列第314位的碱基为A存在与否，所述寡核苷酸选自用于测序的特异性扩增引物序列和测序引物序列，分别为上游引物F1：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'下游引物R1：5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'测序引物：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'或者，用于荧光定量PCR扩增特异性上游引物F2序列、下游引物R2序列和探针P2序列，分别为：上游引物F2：5'-TGGGTGCACCAGCGACTC-3'下游引物R2：5'-CTGCTTTGCAGACCGGCA-3'探针P2：5'-TCGAAGGGTCCCAGAAATTTCCACCT-3'；或者，用于ARMS-PCR扩增的特异性上游引物F3序列和下游引物R3序列分别为：上游引物F3：5'-CGGTCGAAGGGTCCCTGA-3'2CN109486979A权利要求书2/2页下游引物R3：5'-GCCCGGCGACACTTCA-3'。10.一种鉴定西藏红豆杉的方法，包括以下步骤：(1)提取待测植物的基因组DNA；(2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，检测SEQIDNO.1序列第314位的碱基为A存在与否；(3)若经检测，SNP位点为A时，则判断该待测植物鉴定为西藏红