用于玉米基因分型的SNP分子标记组合及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107090504A(43)申请公布日2017.08.25(21)申请号201710304942.2(22)申请日2017.05.03(71)申请人袁隆平农业高科技股份有限公司地址410001湖南省长沙市车站北路459号证券大厦九楼申请人华智水稻生物技术有限公司(72)发明人邹继军阮详经卢东林刘海波王冰冰刘法新(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书22页序列表127页附图5页(54)发明名称用于玉米基因分型的SNP分子标记组合及其应用(57)摘要本发明提供用于玉米基因分型的SNP分子标记组合，由448个SNP标记组成，所述SNP标记的编号分别为ZmSNP001～ZmSNP448，它们的核苷酸序列分别如SEQIDNO:1-448所示。利用本发明的SNP分子标记组合可以对玉米品种资源进行分子标记指纹分析、对杂交群体后代进行基因型鉴定、对品种真实性进行鉴定、对育种材料遗传背景进行分析和筛选、对农艺性状进行关联分析，具有广阔的应用前景。CN107090504ACN107090504A权利要求书1/1页1.用于玉米基因分型的SNP分子标记组合，其特征在于，由448个SNP标记组成，所述SNP标记的编号分别为ZmSNP001～ZmSNP448，核苷酸序列分别如SEQIDNO:1-448所示，它们的信息如表1所示。2.权利要求1所述SNP分子标记组合在玉米分子标记辅助育种中的应用。3.权利要求1所述SNP分子标记组合在制备玉米全基因组育种芯片中的应用。4.利用KASP技术检测玉米基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)根据448个SNP位点两侧翼各50bp的核苷酸序列分别设计KASP引物；2)选取有代表性的玉米材料，提取基因组DNA，进行PCR反应，根据PCR反应的结果验证KASP引物的可用性；3)利用验证过的KASP引物和SNP高通量分型设备对待测玉米材料进行基因型分型，从而鉴定待测玉米的基因型。5.权利要求4所述方法在玉米品种鉴定中的应用。6.权利要求4所述方法在检测玉米育种材料中的应用。7.权利要求4所述方法在玉米全基因组关联分析中的应用。8.权利要求4所述方法在玉米分子标记辅助育种中的应用。2CN107090504A说明书1/22页用于玉米基因分型的SNP分子标记组合及其应用技术领域[0001]本发明涉及基因组学、分子生物学、生物信息学和分子植物育种领域，具体地说，涉及一种用于玉米基因分型的SNP分子标记组合及其应用。背景技术[0002]外显子组测序(wholeexomesequencing,WES)和限制性内切酶关联位点测序(RADseq)是复杂基因组物种中应用较多的高性价比的用于SNP发掘的基因组测序方法。[0003]分子标记技术(Molecularmarkertechnologies)是分子育种中的重要工具。传统分子标记技术，如RFLP(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，限制性片段长度多态性)和SSR(SimpleSequenceRepeat，简单序列重复)技术曾在功能基因组研究中发挥着重要作用。但是，传统的分子标记技术存在许多局限性，如通量低、数量少、操作过程繁琐，不能满足大规模商业化育种的需求。为了对目标基因进行精确控制，对遗传背景进行有效选择，对育种品种进行准确分析和鉴定，需要开发和利用高通量分子标记技术。目前，高通量分子标记技术平台主要包括：第二代测序技术，基因芯片技术，以及单一SNP标记检测系统，例如Taqman和KASP标记。发明内容[0004]本发明的目的是提供用于玉米基因分型的SNP分子标记组合。[0005]本发明的另一目的是提供所述用于玉米基因分型的SNP分子标记组合的应用。[0006]为了实现本发明目的，本发明提供用于玉米基因分型的SNP分子标记组合，由448个SNP标记组成，所述SNP标记的编号分别为ZmSNP001～ZmSNP448，核苷酸序列分别如SEQIDNO:1-448所示，它们的信息如表1所示。每条序列均由101个碱基组成，并且在第51位存在碱基变异。[0007]本发明对276份玉米材料的外显子组进行测序，并对另外206份玉米材料进行RADseq测序(两组材料中有85份材料是相同的，故共有397份不同的玉米材料)，通过对482份测序数据进行初步分析，获取了大量高质量的SNP(单核苷酸多态性)信息。基于这些SNP信息，整合玉米公共SNP数据对397份材料进行了聚类分析和群体结构分析；并且，对于397份材料共有的64656个高质量SNP