一种DNA探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN111235148A(43)申请公布日2020.06.05(21)申请号202010224669.4(22)申请日2020.03.26(71)申请人迈杰转化医学研究（苏州）有限公司地址215000江苏省苏州市苏州工业园区星湖街218号生物纳米园B5楼901室(72)发明人魏冬凯顾凯丽浦宇吴洁李芳张亚飞(74)专利代理机构北京品源专利代理有限公司11332代理人巩克栋(51)Int.Cl.C12N15/11(2006.01)C12Q1/6886(2018.01)C12Q1/6869(2018.01)权利要求书1页说明书6页序列表39页(54)发明名称一种DNA探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用(57)摘要本发明提供了一种DNA探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用。所述DNA探针池中的每个探针包括：5'末端生物素化标记和与淋巴瘤相关基因特异性结合的核苷酸序列。通过设计与目的片段互补的带有生物素标记的DNA探针，与靶向基因序列杂交，然后与抗生物素链酶亲和素抗体结合后用磁珠吸附，完成对多个与淋巴瘤相关的基因进行捕获。通过使用的二代测序方法一次便可通过检测多个与淋巴瘤相关的基因重排，成本更低，精度较高，为淋巴瘤的诊断和分型提供了基础。CN111235148ACN111235148A权利要求书1/1页1.一种DNA探针池，其特征在于，所述DNA探针池中的每个探针包括：5'末端生物素化标记和与淋巴瘤相关基因特异性结合的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的DNA探针池，其特征在于，所述淋巴瘤相关基因包括FCRL4、IGH、BCL6、CCND1、BIRC3、MALT1、BCL2、MYC、BCR或ABL1中的任意一种或两种以上的组合；优选地，所述淋巴瘤相关基因产生的基因重排包括FCRL4/IGH，IGH/BCL6，IGH/CCND1，BIRC3/MALT1，IGH/BCL2，IGH/MYC或BCR/ABL1中的任意一种或两种以上的组合。3.根据权利要求1或2所述的DNA探针池，其特征在于，所述DNA探针池中共有200～230条寡核苷酸探针；优选地，所述DNA探针池中每个所述寡核苷酸探针的浓度均为3-10pmole/μL；优选地，所述寡核苷酸探针的GC含量为30-70％；优选地，所述寡核苷酸探针的序列长度为110～130bp。4.根据权利要求1-3任一项所述的DNA探针池，其特征在于，所述DNA探针池包含216条寡核苷酸探针，所述216条寡核苷酸探针的核苷酸序列分别如SEQIDNO.1～SEQIDNO.216所示。5.一种如权利要求1-4任一项所述的DNA探针池的制备方法，其特征在于，所述制备方法包括如下步骤：(1)选择淋巴瘤相关基因的外显子和UTR区域；(2)获取所述淋巴瘤相关基因的不同转录本，通过位置信息均映射到HG19人类标准参考基因组上，选取能够覆盖所有转录本的序列；(3)避开突变位点、SNP位点或插入缺失位点；(4)外显子部分向3'和5'端的内含子中各沿伸15-20bp得到所述寡核苷酸探针的核苷酸序列，合成得到所述探针池。6.根据权利要求5所述的制备方法，其特征在于，步骤(3)中所述突变位点包括RefSeq、Ensembl、dbSNP或ExAC数据库中亚洲人群的高频突变位点。7.如权利要求1-4任一项所述的DNA探针池在制备淋巴瘤检测试剂盒中的应用。8.一种淋巴瘤检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求1-4任一项所述的DNA探针池。9.根据权利要求7所述的淋巴瘤检测试剂盒，其特征在于，所述淋巴瘤检测试剂盒还包括PCR扩增检测的常规组件；优选地，所述常规组件包括预混液、引物混合液和无核酸酶超纯水。10.一种如权利要求8或9所述的淋巴瘤检测试剂盒的使用方法，其特征在于，所述使用方法包括如下步骤：提取全血样本中的RNA并构建RNA二代测序文库，将所述RNA二代测序文库与DNA探针池杂交，通过二代测序与数据分析获得检测结果；优选地，所述全血样本的体积为2-10mL。2CN111235148A说明书1/6页一种DNA探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用技术领域[0001]本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种DNA探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用。背景技术[0002]恶性淋巴瘤(Malignantlymphoma，ML)是免疫系统的原发性恶性肿瘤，主要发生于淋巴器官和淋巴组织，其主要临床表现是无痛性淋巴结肿大，全身各组织器官均可受累。淋巴瘤患者在发现淋巴结肿大前或同时可出现发热、盗汗、消瘦、皮肤瘙痒等全身症状。恶性淋巴瘤的诊断方法主要依靠病理学检查，结合临床表现及必要的相关实验检查，以明确病理类型及病变范围。[0