基于选择的测定法的细胞和方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113195715A(43)申请公布日2021.07.30(21)申请号201980071208.3(74)专利代理机构中国专利代理(香港)有限公(22)申请日2019.08.28司72001代理人罗文锋彭昶(30)优先权数据62/7242312018.08.29US(51)Int.Cl.C12N15/10(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日2021.04.27(86)PCT国际申请的申请数据PCT/US2019/0486252019.08.28(87)PCT国际申请的公布数据WO2020/047138EN2020.03.05(71)申请人阿迈瑞斯公司地址美国加利福尼亚州(72)发明人A·霍尔维茨J·M·瓦尔特蔡佳宏权利要求书2页说明书32页附图13页(54)发明名称基于选择的测定法的细胞和方法(57)摘要本发明公开了用于筛选针对异源靶蛋白的抑制剂的细胞和方法。CN113195715ACN113195715A权利要求书1/2页1.细胞，其包含：i)表达一个或多个靶标的一种或多种外源核酸，和ii)经遗传修饰和/或缺失的所述细胞原生的一种或多种基因，其中所述一个或多个靶标与所述细胞原生的一种或多种基因的所述遗传修饰和/或缺失的组合对所述细胞有毒性。2.根据权利要求1所述的细胞，其中所述细胞原生的所述一种或多种基因的遗传修饰和/或缺失向所述细胞提供了合成性病态(syntheticsick)相互作用或合成性致死(syntheticlethal)相互作用。3.根据上述权利要求任一项所述的细胞，其中所述细胞是真核细胞。4.根据权利要求3所述的细胞，其中所述细胞是酵母细胞。5.根据权利要求4所述的细胞，其中所述酵母细胞是酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)。6.根据上述权利要求任一项所述的细胞，其中所述一个或多个靶标包含疾病靶标。7.根据权利要求6所述的细胞，其中所述疾病靶标包含人疾病靶标。8.根据权利要求7所述的细胞，其中所述疾病靶标包含MMSET或由MMSET组成。9.根据上述权利要求任一项所述的细胞，其中所述经修饰和/或缺失的所述细胞原生的一种或多种基因选自由SET2、SWR1和LGE1组成的组。10.根据权利要求9所述的细胞，其中所述经修饰和/或缺失的所述细胞原生的一种或多种基因包含下列、或由下列组成：SET2和LGE1之一或两者。11.根据上述权利要求任一项所述的细胞，其还包含编码酶的一种或多种核酸，所述酶生成候选抑制剂化合物。12.根据上述权利要求任一项所述的细胞，其中所述一个或多个靶标包含高活性(hyperactive)靶标和/或催化死性(catalyticallydead)靶标的混合物，所述高活性靶标和/或催化死性靶标的相对丰度变化，以校准对所述细胞的相对毒性。13.根据权利要求12所述的细胞，其中高活性靶标和/或催化死性靶标的所述混合物包含一种或多种MMSET蛋白，每种MMSET蛋白均具有至少一个或多个下列突变：F1177A、Y1118A、Y1179A、和/或Y1092A，其中所述残基均根据SEQIDNO：1进行编号。14.检测一个或多个靶标的抑制剂的方法，其包含：a)提供细胞，所述细胞包含表达所述一个或多个靶标的一种或多种外源核酸；b)遗传修饰和/或缺失所述细胞原生的一种或多种基因，其中所述一个或多个靶标与所述细胞原生的所述一种或多种基因的所述遗传修饰和/或缺失的组合对所述细胞有毒性；c)使所述细胞暴露于候选抑制剂化合物；d)在生长条件下使所述细胞生长；和e)测定所述细胞的生长，其中，所述细胞的生长检测出作为所述一个或多个靶标的抑制剂的候选抑制剂化合物。15.根据权利要求14所述的方法，其中所述一个或多个靶标与所述细胞原生的所述一种或多种基因的遗传修饰和/或缺失的组合向所述细胞提供了合成性病态相互作用或合成性致死相互作用。16.根据权利要求14‑15任一项所述的方法，其中所述细胞是真核细胞。2CN113195715A权利要求书2/2页17.根据权利要求16所述的方法，其中所述细胞是酵母细胞。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述酵母细胞是酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)。19.根据权利要求14‑18任一项所述的方法，其中所述一个或多个靶标包含疾病靶标。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述疾病靶标包含人疾病靶标。21.根据权利要求20所述的方法，其中所述疾病靶标包含MMSET或由MMSET组成。22.根据权利要求14‑21任一项所述的方法，其中所述经修饰和/或缺失的所述细胞原生的一种或多种基因选自由SET2、SWR1和LGE1组成的组。23.根据权利要求22所述的方法，其