用于制造DNA测序阵列的方法和系统.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN112204176A(43)申请公布日2021.01.08(21)申请号201980034596.8(74)专利代理机构北京安信方达知识产权代理(22)申请日2019.03.20有限公司11262代理人武晶晶(30)优先权数据62/646,2792018.03.21US(51)Int.Cl.C40B50/18(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日C12Q1/6834(2006.01)2020.11.23C12Q1/6837(2006.01)(86)PCT国际申请的申请数据C12Q1/6874(2006.01)PCT/US2019/0232452019.03.20(87)PCT国际申请的公布数据WO2019/183272EN2019.09.26(71)申请人生捷科技控股公司地址开曼群岛大开曼(72)发明人保罗·登廷格贾斯汀·科斯塔格伦·麦克加尔菲利普·克洛诺哥拉克周巍权利要求书4页说明书20页附图16页(54)发明名称用于制造DNA测序阵列的方法和系统(57)摘要本公开内容涉及在原位合成阵列中反转寡核苷酸探针的方法。这些方法可用于逆转探针相对于基底的朝向从与一种基底3’结合到与另一种基底5’结合。这些方法也可用于减少或消除原位合成阵列中截短的探针序列的存在。这些方法可以在反转后保留合成寡核苷酸的最初图案。这些方法可以通过形成水凝胶层的聚合反应在供体基底和受体基底之间形成水凝胶层来实现。CN112204176ACN112204176A权利要求书1/4页1.一种在表面上反转寡核苷酸的方法，所述方法包括：(a)提供在供体基底的第一表面上与多个分子偶联的所述供体基底，所述多个分子的成员包含(i)固定在所述供体基底的所述第一表面上的3’至5’朝向的第一寡核苷酸和(ii)附接至所述第一寡核苷酸的5’末端的第一反应性基团；(b)提供包含固定在受体基底的表面上的多个第二反应性基团的所述受体基底；(c)将所述供体基底、反应混合物和所述受体基底以夹心结构构造布置，使得所述供体基底的所述第一表面面对所述受体基底的所述表面，并且所述反应混合物位于所述供体基底的所述第一表面和所述受体基底的所述表面之间；(d)使所述夹心结构构造经受固定条件，以在所述第一反应性基团与所述反应混合物或其衍生物之间形成第一共价键，并在所述多个第二反应性基团的成员与所述反应混合物或其衍生物之间形成第二共价键，从而产生转化的夹心结构构造；(e)从所述第一寡核苷酸释放所述供体基底；和(f)提供通过所述反应混合物或其衍生物固定在所述受体基底上的5’至3’朝向的所述第一寡核苷酸。2.根据权利要求1所述的方法，其中(f)中所述第一寡核苷酸包含游离的3’羟基。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个分子的所述成员进一步在所述供体基底的所述第一表面和3’至5’朝向的所述第一寡核苷酸之间包含通用可切割的接头。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述通用可切割的接头通过试剂与所述第一表面偶联。5.根据权利要求1所述的方法，其中(e)中的所述释放包括用碱处理。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述碱包含选自NH4OH、1,2-二氨基乙烷和甲胺的至少一种。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述固定条件是聚合反应。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述反应混合物包含多种用于所述聚合反应的丙烯酰胺。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述聚合反应形成聚合物凝胶，所述聚合物凝胶包含所述第一共价键和所述第二共价键。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一反应性基团包括第一可聚合基团。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述第二反应性基团包括第二可聚合基团。12.根据权利要求1所述的方法，其中(a)中所述3’至5’朝向的第一寡核苷酸是全长的。13.根据权利要求12所述的方法，其中(f)中所述5’至3’朝向的第一寡核苷酸是全长的。2CN112204176A权利要求书2/4页14.根据权利要求1所述的方法，其中(e)中所述释放进一步包括在所述供体基底的第二表面上执行机械切割过程或激光穿孔过程。15.根据权利要求14所述的方法，其中(e)中在执行所述机械切割过程或所述激光穿孔过程之后，所述释放进一步包括用碱处理。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个分子在所述供体基底的所述第一表面上形成图案。17.根据权利要求16所述的方法，其中(f)中所述提供包括将所述多个分子转化为在所述受体基底的所述表面上的多个反转的分子，并且其中所述多个反转的分子在所述受体基底的所述表面上保持所述图案。18.一种制备固定在受体基底的受体表面上的5’至3’朝向的寡核苷酸阵列的方法，所述方法包括：(a)提供夹心结构构造，所述夹心结构构造包含：(i