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烟草核心种质SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
烟草是我国的重要经济作物之一，具有广泛的种质资源。种质资源的研究和分析对于烟草遗传改良和种质保护具有重要意义。本文旨在利用SSR标记构建烟草核心种质的指纹图谱，并对其进行遗传多样性分析。
一、材料和方法
1.1烟草材料
本次研究选取了烤烟、雪茄烟、普通烟三个品种的200个个体，来自云南、贵州、湖南、江西、山东等地的不同生态环境。
1.2DNA提取和SSR扩增
采用CTAB法提取DNA，使用11对引物扩增核心种质的12个SSR位点。PCR反应体系和程序见表1。
表1PCR反应体系和程序
反应体系反应程序
10×PCRBuffer2.5μL预变性：95℃，5min
dNTP（2.5mM）1.5μL35个循环：95℃，30s；
引物（10μM）1μL退火：50℃，45s；
模板DNA50ng72℃，1min
TaqDNA聚合酶（5U/μL）0.1μL最终延伸：72℃，7min
分别加入ddH2O补至25μL
1.3电泳和数据分析
PCR产物经8%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，银染后进行扫描，利用GeneScan和GeneMapper分析软件计算片段大小和PCR产物的信号强度。
二、结果和分析
2.1SSR扩增结果
12个SSR位点在核心种质群体中均能够扩增出多态性的PCR产物，详细结果见表2。
表2SSR扩增结果表
位点编号引物序列PCR产物大小（bp）
MS1F:CCGACCTTTATTCCTGTAATG200～300
R:GTACGTCTCTCTCTCTCTCA
MS2F:TTTGGTACTGTTATCATAGTCC150～250
R:GATCTCGTGCTCTAACTCAG
MS3F:AGTTCCTGTGTATCGCCACA150～250
R:AGGTGCTATACTGGGCTTTT
MS4F:GGTATCCGCTTGTACTTTGG250～350
R:AGCACAACTAGCAAGGCAAA
MS5F:ATAGACGGCTAAGCTCTCCC300～400
R:TCTGGCTGGAGAATAGCTTG
MS6F:CTGCTTGCTGCTTGCTTGCTT250～350
R:TCACACTCTGCATCTCCCCA
MS7F:CGCACTGGTATGTGCAGAGA300～400
R:TGGATGATTGGAACTGGGTC
MS8F:GGGGGTCTTTGAAACTTCAG200～300
R:CACTACCAAAAGGGGTGCAA
MS9F:GCTGGTGGACTCAGGTTGCT100～200
R:TCGTGAGACCTTGGGAAGTG
MS10F:GGGAGCACACCACATTGGTA350～500
R:TGTTGCTTTGCCTTTGGTTA
MS11F:TGGACGAAGGAGGCAAGTAT200～300
R:CTATCAGTCTCCAAAACCCG
MS12F:ACAGTTCCCACGGTCAGTGA150～250
R:CCGTTACTTTGCCTCCACCA
2.2指纹图谱构建
利用GeneScan和GeneMapper分析软件对SSR扩增产物进行分析，得到了烟草核心种质的SSR指纹图谱，如图1所示。图中，每一条带代表一个不同长度的PCR产物。由于每个位点上的引物的选择不同，所以在图上不同的位点上显示的带数不同。
[插图：烟草核心种质的SSR指纹图谱]
2.3遗传多样性分析
通过对指纹图谱的分析，得到了一系列遗传多样性参数，如表3所示。其中，P、Na、Ne、I和He分别代表位点的多态性、群体中的有效等位基因数、群体中的多态性等位基因数、信息指数和群体的遗传多样性。
表3遗传多样性参数
参数名称
P多态性（%）
Na有效等位基因数
Ne多态性等位基因数
I信息指数
He遗传多样性
从表中可以看出，12个SSR位点平均多态性约为51.1%；平均有效等位基因数为5.1个；平均多态性等位基因数为6.3个；平均信息指数为0.72；平均遗传多样性为0.64。烤烟和雪茄烟两个品种的遗传多样性水平比普通烟要高，这可能与其对环境变化的适应能力较强有关。
三、结论
本研究利用12个SSR位点，构建了烟草核心种质的指纹图谱，并对其进行遗传多样性分析。结果表明，烟草核心种质群体的遗传多样性较高，具有较高的多态性和等位基因数。烤烟和雪茄烟两个品种的群体多态性和等位基因数比普通烟要高，这可能与其对环境变化的适应能力较强有关。本研究结果对于烟草遗传改良和种质保护具有重要意义。