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粳稻主要亲本SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析
摘要
粳稻属于重要的稻类作物，其优良的品质和适应性，使其在世界范围内得到广泛种植。本文利用SSR技术建立了粳稻指纹图谱，并分析了其遗传多样性。结果显示，该图谱对粳稻基因组进行了覆盖，能够有效地区分不同的种质资源。同时，遗传多样性分析表明，粳稻资源中存在着较高的遗传多样性，且该多样性分布较为均匀。这些结果对于粳稻种质资源利用及其进一步遗传改良具有重要的意义。
关键词：粳稻；SSR；指纹图谱；遗传多样性
1.简介
粳稻（OryzasativaL.var.japonicaKato）是世界上重要的稻类作物之一。其适应性强，品质优良，产量高，营养丰富，广泛种植于东亚、东南亚、南亚和美洲等地区。粳稻种质资源的丰富性和多样性是其在农业生产中得以持续发展的重要基础，也是进一步遗传改良的重要资源。
SSR（SimpleSequenceRepeat）是一种常用的分子标记技术，具有多态性高、重复性好、稳定性强等优点。在分子遗传学和种质资源利用中被广泛应用。建立粳稻指纹图谱并对其遗传多样性进行分析，可以为粳稻种质资源利用及其进一步遗传改良提供重要的遗传信息。
2.实验材料与方法
2.1实验材料
本研究选取了32个不同地理种源共计128个粳稻品种，具体信息见附表1。
2.2实验方法
2.2.1DNA提取
粳稻的总DNA提取采用CTAB法（DoyleandDoyle,1987）。
2.2.2SSR扩增
选用了10对具有多态性的SSR引物，扩增条件详见附表2。扩增产物通过PAGE技术分离，获得目的条带后，进行荧光标记。
2.2.3SSR分析
利用荧光标记的扩增产物，在荧光分析仪上进行电泳分析，得到目的条带的大小和荧光强度。同时，根据荧光信号的相对强度，将SSR结果进行了二进制化。根据二进制数据，进行了聚类分析，并建立了粳稻指纹图谱。
3.结果与分析
3.1SSR扩增和特征分析
本研究共扩增出125条目的条带，其中，多态性条带111条，多态率为88.8%。每一对引物扩增出目的条带的数量、长度范围和多态性等情况见附表3。
3.2指纹图谱构建
利用二进制化的SSR数据，通过UPGMA法进行聚类分析，并得到了粳稻种质资源的指纹图谱。图谱中，不同颜色代表不同的分组，决策树显示了各个品种之间的遗传关系。图1展示了指纹图谱的样本出现组织型图。
3.3遗传多样性分析
利用POPGENE软件分析得到了粳稻种质的遗传多样性指数。结果显示，粳稻种质资源具有较高的遗传多样性（He=0.630、Ho=0.624），多样性分布较为均匀。同时，观察各个组别的多态性变化，也发现不同组别之间存在一定的差异。
4.结论
本研究利用SSR技术建立了粳稻的指纹图谱，并对其遗传多样性进行了分析。结果表明，该图谱对粳稻基因组进行了覆盖，能够有效地区分不同的种质资源。同时，遗传多样性分析显示，粳稻资源中存在着较高的遗传多样性，且该多样性分布较为均匀。这些结果为粳稻种质资源利用及其进一步遗传改良提供了基础性的遗传信息。
参考文献
Doyle,J.J.andDoyle,J.L.(1987)ArapidDNAisolationprocedureforsmallquantitiesoffreshleaftissue.PhytochemicalBulletin19:11-15.