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利用InDel和SSR整合大白菜分子遗传图谱
论文：利用InDel和SSR整合大白菜分子遗传图谱
摘要：大白菜是我国传统的农作物之一，在其分子遗传研究领域也有了成熟的研究成果。本论文主要利用InDel和SSR技术，整合大白菜分子遗传图谱，旨在揭示大白菜的遗传特征，为其基因组进化提供一定参考。
关键词：大白菜；InDel；SSR；分子遗传图谱；遗传特征
一、引言
大白菜（BrassicarapaL.ssp.pekinensis）是我国传统的农作物之一，是重要的蔬菜类食品，具有广泛的种植和消费市场。近年来，伴随着人们对膳食结构和营养健康的关注，大白菜的研究成为了热点话题之一。其中分子遗传学的研究对于大白菜的进一步改良和品质提高至关重要。
InDel（InsertionandDeletion）和SSR（SimpleSequenceRepeat）作为重要的分子标记技术，在大白菜的遗传图谱研究中也被广泛应用。本论文主要基于InDel和SSR技术，整合大白菜分子遗传图谱，揭示大白菜的遗传特征和系统演化。
二、材料和方法
1.样本收集及DNA的提取：本研究中选择7种大白菜品种作为研究对象，从不同产地采样，于生长期末期采集嫩叶作为样品。样品处理过程中严格遵守生物安全规范，所有采集样品均按照现场标识号编号。DNA的提取主要采用CTAB法提取方法（DoyleandDoyle，1990）。
2.InDel和SSR标记的筛选和分析：InDel和SSR标记的选取基于公共数据库和已有的文献报道，考察不同基因区域的分布情况、片段大小以及多态性。利用PCR扩增技术对选取的InDel和SSR标记进行筛选，筛选出6对SSR标记和43对InDel标记，共同用于检测大白菜品种的遗传多样性。PCR扩增产物经过电泳检测，运用GeneMarker®软件将结构化数据映射到芯片上。
3.遗传学分析：运用PowerMarker软件对扩增产物生成的数据进行处理，计算不同遗传图谱参数，包括遗传距离、亲缘关系等。运用STRUCTURE软件对大白菜的遗传群体进行聚类分析。
三、结果及分析
1.扩增产物分析
图1.InDel标记扩增产物
图2.SSR标记扩增产物
根据PCR扩增产物，结构化数据被映射到芯片上进行分析和处理。图1和图2分别为InDel标记和SSR标记扩增产物的结果，指出部分样品存在多态性，表明这些标记适合于对大白菜进行遗传分析。
2.遗传图谱分析
运用PowerMarker软件对大白菜遗传数据进行处理和计算，计算不同遗传图谱参数。表1为大白菜遗传距离矩阵的结果，表明品种之间的亲缘关系较为密切。图3为大白菜不同品种的UPGMA遗传树，表明品种之间的进化关系较为简单明朗。
表1.大白菜品种遗传距离矩阵
图3.大白菜不同品种的UPGMA遗传树
运用STRUCTURE软件对大白菜的遗传群体进行聚类分析，以确定大白菜种群的构成情况和基因流动情况。图4为STRUCTURE聚类结果，指出大白菜种群分化较为明显，呈现出较为稳定的群体结构。
图4.STRUCTURE聚类结果
四、结论
本研究利用InDel和SSR技术，整合了大白菜的分子遗传图谱，在对大白菜品种的遗传多样性和系统进化进行分析的基础上，得出以下结论：
1.InDel和SSR标记均可用于大白菜的遗传分析，且InDel标记具有较高的多态性；
2.大白菜遗传图谱的分析结果表明，不同品种之间的亲缘关系较为密切，进化关系相对简单明朗；
3.大白菜种群的分化相对稳定，呈现出相对较为清晰的群体结构。
本研究对于大白菜的遗传多样性、系统演化等具有一定的参考价值，为大白菜的基因组进化研究提供了一定的理论基础。
参考文献：
DoyleJJ,DoyleJL.IsolationofplantDNAfromfreshtissue.Focus1990;12:13-15.