利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱的任务书.docx

利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱的任务书
任务书
一、任务背景
白菜与芜菁为十字花科蔬菜中传统重要的物种，其广泛种植和消费需求推动了种质资源的丰富化与开发。近年来，分子标记技术的广泛应用使得分子遗传图谱逐渐被认为是白菜和芜菁优化杂交育种的关键工具。其中，SSR和InDel标记是广泛应用的标记类型，对于分子遗传图谱构建的指导有着重要的作用。
本次任务旨在利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁的分子遗传图谱，为两者后续杂交育种提供基础数据，加快品种改良进程。
二、任务要求
1.数据采集
白菜（Brassicarapasubsp.pekinensis）和芜菁(Brassicajuncea)来源于国内博物馆、种质园等，预计采集样本数量在50个左右，需采集样本相关信息，包括种名、产地、生态环境等。
运用DNA提取试剂盒从样本中提取DNA，并进行质量检测和定量，使得后续扩增具备良好保障。
2.DNA序列分析
运用PCR扩增SSR和InDel标记，使得两种标记达到扩增效果。运用测序仪进行扩增产物的测序，获得所需DNA序列数据。选择数据量适中，质量良好的数据进行后续分析。
对于得到的DNA序列数据进行下游分析，得出所需的SSR和InDel标记。对于每个标记返回其位置、长度、反向互补序列、PCR引物设计等信息。
3.分子遗传图谱构建
使用有效算法，运用R语言等相应的统计分析工具，运用选定的软件界面，完成分子遗传图谱的构建。
通过设置不同的参数，对构建结果进行不断优化，并形成完整的遗传图谱，返回白菜×芜菁间的遗传关系、不同位点间的遗传关系等数据。
4.结果分析
将所得数据进行统计分析，总结建立的分子遗传图谱支持的遗传关系等结论，对任务目标的实现效果进行评估。
5.结果报告
将结果呈现为简洁的图表，准确表达数据结果。撰写800至1200字的报告，表明研究的目标、方法与成果，得出的结论与意义等。
三、任务时间
本次任务计划周期为2个月，具体如下：
第1周：确定任务目标与方案；采集样本及进行DNA提取与扩增；
第2周-第4周：对数据进行清理、拼接、分析、标记提取等相关工作；
第5周-第6周：完成数据分析并进行遗传图谱的构建，对结果进行优化；
第7周-第8周：结果分析，呈现数据并撰写报告；
第9周：提交结果报告。
四、参考文献
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2.StichB,PiephoHP.AnIntroductiontoMixedModelsforResidualVarianceinQuantitativeGenetics[M].2005.
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4.WangX,WangH,WangJ,etal.ComparisonofgeneticdiversityassessedbySSRmarkersamongthemajorBrassicanapusgermplasmcollectionsfromdifferentcountries[J].AsianJournalofPlantSciences,2003,2(6):491–496.
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