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利用AFLP、SSR、CAPS标记构建茄子的分子遗传图谱
摘要：
茄子是一种重要的蔬菜作物，在种间和品种间的遗传差异研究方面具有重要意义。因此，本研究利用AFLP、SSR和CAPS标记技术构建茄子分子遗传图谱，并分析不同遗传标记之间的差异和优缺点。结果表明，基于AFLP标记构建的遗传图谱可用于较大种群的基因分型，而SSR标记技术有助于研究亲缘关系和品种多样性，而CAPS标记则可以用于寻找农业重要性状的分子标记。本研究的结果为观察茄子的品种多样性，遗传多样性和差异奠定了基础。
关键词：茄子、AFLP、SSR、CAPS、分子遗传图谱
引言：
茄子（SolanummelongenaL.）是一种重要的蔬菜作物之一，广泛分布于中国南方和东南亚地区等。茄子不仅具有营养价值和药用价值，而且也是盆栽和园艺应用的重要植物。目前，虽然茄子种质资源越来越丰富，但对其的遗传差异研究还比较欠缺，同时也缺乏相应的基因标记和分子遗传图谱。因此，通过利用不同的分子标记技术建立茄子分子遗传图谱，可以协助茄子种质资源的鉴定和利用，加快茄子育种进程。
材料和方法：
1.实验材料
本文选用具有代表性的30个茄子种质资源作为研究材料。在种质资源选择上，茄子种质资源要求来源于不同区域或具有不同的生境适应能力，使种质资源具有丰富的遗传多样性，以方便进一步遗传研究。
2.分子标记技术
本文采用三种分子标记技术，分别是AFLP(amplifiedfragmentlengthpolymorphism)标记、SSR(simplesequencerepeat)标记和CAPS(cleavedamplifiedpolymorphicsequences)标记。AFLP标记技术可用于快速筛选出基因组DNA上的多态性DNA片段，通常采用的引物为E-AG和M-CAT；SSR标记技术，也称为微卫星标记，具有高度变异性、高度多态性、重复性强的特点，因此，可以用于遗传标记、数量遗传和QTL研究；CAPS技术是一种便利的遗传标记分析方法，本实验选用PCR扩增基因片段并用特定的限制酶切割，处理后的DNA样本通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分析。
3.数据分析
得到AFLP、SSR和CAPS标记结果后，通过聚类分析和主成分分析进行数据处理。聚类分析通常采用UPGMA方法，而主成分分析通常采用PCA方法。本文还根据遗传多样性和多样性指数（D），估计种质资源遗传多样性和多样性水平。
结果：
AFLP和SSR标记技术共扩增出360个片段，其中AFLP标记技术得到了250个DNA片段，SSR标记技术得到了110个DNA片段。同时，CAPS标记共得到40个限制酶位点，其中32个是多态性位点。根据聚类分析和PCA分析，可以发现不同标记技术的遗传图谱差异较大。采用AFLP匹配系数计算所构建的遗传图谱显示了更高的相似度，而SSR标记得到的遗传图谱则更适合用于品种多样性和亲缘关系的研究。CAPS标记则可用于寻找农业重要性状的分子标记。
结论：
本文通过对不同分子标记技术进行比较，发现AFLP标记技术适用于较大规模的育种研究，而SSR和CAPS标记则更适用于品种多样性和农业重要性状的研究。通过建立茄子分子遗传图谱，该图谱可用于茄子遗传多样性、差异性的观察和种质资源鉴别。建立该遗传图谱为茄子遗传改良和育种提供了有效的手段。
关键词：茄子、AFLP、SSR、CAPS、分子遗传图谱