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大黄鱼环状RNA挖掘与功能分析的开题报告
一、研究背景
环状RNA（circularRNA,circRNA）是一类新型的非编码RNA，以环形结构存在，由RNA前体的反向剪切而成。由于环形结构具有稳定性和表达量高等特点，circRNA越来越引起了生物学家的关注。尽管circRNA在调控基因表达和参与多种生物过程中具有重要的作用，但在大黄鱼中的研究却非常有限。
大黄鱼是国内重要的海水养殖鱼类之一，其肉质鲜美，市场需求量大。目前已知大黄鱼基因组的一些信息，但对于circRNA的研究还很不足。因此，对大黄鱼中circRNA的挖掘和功能分析具有重要的意义，可以为大黄鱼的育种和开发提供更多的分子生物学信息。
二、研究目的和意义
通过对大黄鱼肝脏组织中的RNAs进行高通量测序，筛选已知circRNA的结构，挖掘新的circRNA，建立circRNA数据库，并对其序列和结构进行基本分析。进一步探究circRNA在大黄鱼的肝脏发育、生长以及能量代谢等方面扮演的角色，为深入探究大黄鱼分子生物学提供新的思路和方法。
三、研究内容和方法
1.组织样本的采集和RNA提取。从大黄鱼肝脏组织中提取总RNA，采用常规方法分离mRNA，并借助RNaseR对circRNA进行筛选。
2.构建文库和高通量测序。采用Illumina平台进行测序，并对测序得到的数据进行质控和去除低质量的序列。对于良好的序列进行聚类和拼接，筛选circRNA并进行基本分析。
3.建立大黄鱼circRNA数据库并挖掘新的circRNA。对于已知的circRNA进行整合汇总，构建circRNA的数据库。使用软件工具同时对数据进行处理，挖掘新的circRNA。
4.分析大黄鱼circRNA的功能和调控机制。结合生物实验（如CRISPR/Cas9、RNA干扰等）对筛选出的circRNA进行功能验证，应用定量PCR技术探究circRNA在大黄鱼肝脏发育、生长以及能量代谢等方面扮演的角色。
四、预期成果
1.建立大黄鱼circRNA数据库，提供有关大黄鱼circRNA的详细信息。
2.挖掘新的circRNA，对这些circRNA的结构和序列进行基本分析。
3.初步探究circRNA在大黄鱼肝脏发育、生长以及能量代谢等方面的作用。
五、研究意义和应用前景
1.丰富了大黄鱼分子生物学研究领域的内容。
2.为大黄鱼的育种和开发提供更多的分子生物学信息。
3.circRNA在调控基因表达和参与疾病等方面具有很大的应用潜力，对角质病等疾病的治疗具有重要意义。
4.为更好地了解circRNA的调控作用和功能提供了新的研究模型。