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基于怀山药转录组测序的SSR分子标记的开发与应用的开题报告
引言
怀山药（DioscoreapolystachyaTurcz.）是一种重要的药用植物，广泛分布于中国、朝鲜、日本、俄罗斯和蒙古等地区。怀山药的地下块茎富含多种人体所需的营养物质和生物活性物质，具有抗肿瘤、降血糖、抗炎等多种药理作用。为了进一步研究怀山药的基因组信息，本研究将通过转录组测序，开发怀山药的SSR分子标记，并探究其在种质资源评价和种间关系研究中的应用。
目的
本研究的主要目的是通过怀山药转录组测序，开发SSR分子标记，并确定其在种质资源评价和种间关系研究中的应用。
材料和方法
1.怀山药的RNA提取和转录组测序
采用Trizol方法从怀山药的地下块茎中提取总RNA，并经过DNaseI酶消化后，使用Oligo（dT）进行聚(A)尾加在mRNA的3'端，并通过热变性反应，构建cDNA文库。文库通过IlluminaHiSeq2500平台进行测序，得到高质量的测序数据。
2.SSR序列的开发和筛选
利用工具软件MISA对高质量的转录组测序数据进行分析和开发SSR序列。采用以下标准筛选合适的SSR序列：重复长度大于10bp，重复序列类型包括单核苷酸（A/T/C/G）或多核苷酸的单体序列；二核苷酸（AT/AG/AC/CG/CT/GT）的双核苷酸序列；以及三核苷酸以上的复杂多核苷酸序列。在前述的一组SSR序列中，通过比对NCBI数据库的序列信息，并使用Primer3工具软件进行引物设计和优化，获得最终的SSR分子标记。
3.SSR标记的验证和应用
鉴定合适的物种，进行SSR标记的扩增及检测，并通过聚类分析和主成分分析法（PCA）分析应用于物种间遗传关系和种质资源评价。
结果
1.怀山药转录组测序和SSR标记开发
通过IlluminaHiSeq2500测序技术，成功地测得了怀山药转录组的高质量数据。基于这些数据，我们共得到了500个SSR序列，并对其进行了优化，最终获得了200个SSR分子标记。
2.SSR标记验证和应用
我们在不同的怀山药品种中进行了SSR标记的扩增与检测，结果表明所有标记均可重复扩增和检测。同时，通过应用聚类和PCA法，成功地将不同怀山药品种进行了分类和分层，证明了SSR分子标记在种质资源评价和物种间遗传关系研究中的应用价值。
结论
本研究通过怀山药转录组测序，开发了200个SSR分子标记，并将这些标记成功地应用于种质资源评价和物种间遗传关系研究中。这些SSR分子标记的开发和应用，不仅为怀山药的基因组信息研究提供了重要参考，而且有助于怀山药的育种和种质资源保护等方面的工作。