基于转录组测序大规模开发早实枳SSR标记的开题报告.docx

基于转录组测序大规模开发早实枳SSR标记的开题报告
摘要：
早实枳（ZiziphusjujubeMill.var.inermis(Bunge)Rehd.）是一种重要的经济作物和药用植物。针对早实枳基因组信息的缺乏以及其繁殖系统的特点，本研究基于转录组测序技术，利用高通量测序技术获取早实枳花、叶、果实三个组织的转录组序列信息，挖掘SSRs并对其进行特征分析和验证，旨在为早实枳遗传育种研究提供基础资料和分子标记。
研究方案：
1.实验材料：选取3个早实枳组织为实验材料，包括花、叶、果实。
2.转录组测序：利用IlluminaHiseq2000平台对3个实验材料进行转录组测序，获取高品质的转录组序列。
3.SSRs挖掘：利用软件包SSRIT和MISA对转录组序列中的SSRs进行挖掘，获取潜在的SSR标记。
4.SSRs特征分析：将挖掘出的SSRs进行长度、重复次数、引物设计、位置、单核苷酸多态性以及基因功能等方面的特征分析。
5.SSRs验证：对所挖掘出的SSR标记进行验证，包括引物的特异性、重复性、稳定性等检测，验证成功的SSR标记进行PCR扩增、测序和分析。
预期结果：
1.获取早实枳三个组织的转录组序列信息，建立早实枳转录组数据库。
2.挖掘大量SSRs，并进行特征分析，为后续的分子标记筛选提供理论基础。
3.对所验证的SSR标记进行扩增、测序和分析，验证成功的SSR标记作为早实枳遗传育种研究中的重要PCR分子标记。
意义和创新：
本研究利用转录组测序技术挖掘早实枳的SSR标记，并对其进行特征分析和验证，在该领域中属于首次尝试。本研究将有助于建立早实枳分子标记数据库，促进早实枳遗传育种的发展，同时也为其他作物的分子标记开发提供参考和借鉴。