枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析的任务书.docx

枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析的任务书
任务书
题目：枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析
任务背景：
枣树（ZiziphusjujubeMill.）是我国重要的经济果树之一，具有极高的经济价值和社会价值。然而，目前对枣树基因组的研究还相对较少，难以满足现代农业高效生产需求。因此，研究枣树的基因组序列和功能基因非常有必要。
目前，EST（表达序列标签）序列测序技术已成为揭示生物化学反应、代谢通路和分子功能等方面的强有力工具。枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析，可以为深入了解枣树基因组的结构、功能以及表达水平等方面提供重要的基础数据。因此，本任务的目的是进行枣树cDNA文库EST序列的生物信息学分析。
任务要求：
1.构建枣树cDNA文库EST序列数据库。
2.对得到的EST序列进行基本信息统计，如序列长度、GC含量等。
3.对EST序列进行注释，包括序列比对（BLAST）和GO（GeneOntology）注释，分析序列的功能、进化关系等。
4.对EST序列进行Clustering，建立非冗余基因集（UniqueGeneSet）。
5.学习并掌握EST序列的差异表达分析方法，挖掘差异表达的基因、通路及其功能。
任务流程：
1.构建cDNA文库：从不同组织、不同生长期的枣树中提取RNA，进行cDNA合成，构建cDNA文库。
2.EST序列测序：利用高通量测序技术对cDNA文库进行测序，得到EST序列。
3.数据处理：对得到的EST序列进行预处理，包括去除低质量序列、过滤短序列等。
4.基本信息统计：统计EST序列的长度分布、GC含量等基本信息。
5.序列注释：对EST序列进行BLAST比对和GO注释，分析序列的功能和进化关系。
6.Clustering：对EST序列进行聚类分析，建立非冗余基因集。
7.差异表达分析：对EST序列进行差异表达分析，挖掘出差异表达的基因、通路及其功能。
8.结果分析：对分析结果进行整合和解释，得出枣树cDNA文库EST序列的生物信息学特征和功能。
任务成果：
1.枣树cDNA文库EST序列数据库。
2.枣树cDNA文库EST序列的基本信息数据、序列注释和Clustering结果报告。
3.枣树cDNA文库EST序列差异表达分析的结果和相应报告。
4.对分析结果的解释和讨论。
参考文献：
1.LiuC,etal.Animprovedprotocolforhigh-qualityRNAisolationfromneedlesofPinusmassoniana.journalofforestryresearch,2018,29(3):835-841.
2.LiQH,etal.Identificationofgenesandnetworksassociatedwiththeresistanceresponsetopowderymildewinfectioninziziphusjujubamill.FrontPlantSci.2017Oct;8:1805.
3.RazaMQ,etal.Characterizationandexpressionprofilingofstress-relatedgenesinarabidopsisthalianaexposedtoheavymetals.EurJSoilBiol.2021Apr;104056.
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