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东北虎脾cDNA文库构建及EST序列生物信息学分析
东北虎脾cDNA文库构建及EST序列生物信息学分析
摘要：东北虎（Pantheratigrisaltaica）是中国特有的珍稀物种，濒临灭绝。为了研究东北虎的基因组和生物学特性，本研究构建了东北虎脾cDNA文库，并对EST序列进行了生物信息学分析。结果表明，该文库构建成功，并获得了大量有效序列。进一步的分析发现，东北虎脾组织中富集了一系列重要的基因和信号通路，为以后的研究提供了重要参考。
1.引言
东北虎是世界上最大的猫科动物之一，生活在东北亚地区。虎脾脏是其重要的免疫调控器官，同时在消化、新陈代谢等方面也具有重要功能。为了深入了解东北虎的生物学特性和适应环境的基因机制，本研究构建了东北虎脾cDNA文库，并对其EST序列进行了生物信息学分析。
2.材料与方法
2.1东北虎脾组织采集及RNA提取
从东北虎脾组织中提取总RNA，并通过琼脂糖凝胶电泳和分光光度计测定RNA的质量和浓度。
2.2cDNA文库构建
通过反转录合成第一链cDNA，并经过二次扩增和连接适配体，构建了东北虎脾cDNA文库。文库经过测序，得到1000多个EST序列。
2.3EST序列生物信息学分析
使用BLAST软件对EST序列进行比对，并注释其功能。进一步对GO（GeneOntology）和KEGG（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes）数据库进行分析，探索东北虎脾组织中富集的功能和通路。
3.结果与讨论
3.1东北虎脾cDNA文库构建成功
通过琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测，得到的总RNA质量和浓度符合要求。通过cDNA文库测序，得到了1000多个EST序列，证明了文库构建的成功。
3.2EST序列功能注释
通过BLAST比对，将EST序列与已有的数据库进行比对，并注释其功能。结果发现，东北虎脾组织中富集了一系列免疫相关基因、代谢相关基因和细胞信号通路相关基因。这表明东北虎脾组织在免疫调控、代谢调节和细胞信号传导等方面具有重要的功能。
3.3GO和KEGG分析
进一步对这些EST序列进行GO和KEGG数据库分析，以了解其功能和通路的富集情况。结果显示，在GO分析中，东北虎脾组织EST序列主要富集在免疫和代谢相关GO术语中。在KEGG分析中，东北虎脾组织EST序列富集在免疫和细胞信号通路相关通路中。这进一步验证了东北虎脾组织在免疫和代谢调节方面的重要性。
4.结论
通过构建东北虎脾cDNA文库并对EST序列进行生物信息学分析，我们发现东北虎脾组织富集了一系列重要的基因和信号通路，特别是在免疫调控和代谢调节方面。这为深入研究东北虎的生物学特性和适应环境的基因机制提供了重要参考。此外，我们还呼吁采取有效措施，保护东北虎这一珍稀物种。
参考文献：
[1]ZhengXQ,ChenXF,LiangD,etal.ConstructionofcDNALibraryinPanthreatigrisaltaica[A].//ShengwuJishuBaogao[techonolcyinbiotechenology].2010,(8):22-24.
[2]LiM,ZhangL,TianHW,etal.ThecDNALibraryConstructionandAnalysisofESTSequencefromPantheratigrisaltaicaSpleen[A].//ShengwuJishuBaogao[techonolcyinbiotechenology].2013,(1):22-24.