单增李斯特菌-EGD-e基因组的密码子使用分析.pdf

#290#疾病监测2011年4月30日第26卷第4期DiseaseSurveillance,Apr130,2011,Vol126,No14

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单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用分析

罗雪莲,王海印,叶长芸

摘要:目的以单增李斯特菌EGD-e为研究对象,分析其密码子使用模式及影响因素。方法利用CodonW在
线工具分析单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用情况;利用对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等推测影响单增李
斯特菌EGD-e密码子偏性的因素;利用高表达优越密码子分析法确定单增李斯特菌EGD-e基因组的主要偏爱密码
子。结果单增李斯特菌EGD-e基因组中G+C含量仅为37%,偏爱使用以U或A结尾的密码子;对应分析显示
第1条向量轴与G+C(R=-01182,P<0101)、CAI(R=-01740,P<0101)呈显著相关,且与后者的相关程度明
显高于前者。结论单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用具有一定的偏性;推测基因的表达水平是影响单增
李斯特菌EGD-e基因组密码子使用的主要因素。同时,基因组密码子使用偏性还受到碱基组成的影响,而基因长
度对密码子的使用偏性影响不大。最后确定了UUC、UUA等27个密码子为单增李斯特菌EGD-e的最优密码子。
这些结果将为进一步研究单增李斯特菌的基因组学提供基础。
关键词:单增李斯特菌EGD-e;同义密码子;对应分析
中图分类号:R51717文献标识码:A文章编号:1003-9961(2011)04-0290-05

CodonusageingenomeofListeriamonocytogenesEGD-eLUOXue-lian,WANGHai-yin,YEChang-yun.StateKey
LaboratoryforCommunicableDiseasePreventionandControl,InstituteforCommunicableDiseaseControland
Prevention,ChineseCenterforDiseaseControlandPrevention,Beijing102206,China
Correspondingauthor:YEChang-yun,Emai:[e-mail]
Abstract:ObjectiveToanalyzethecodonusagepatternsandrelatedfactorsbytakingListeriamonocytogenesEGD-e
assubjec.tMethodsThecodonusagepatternsofListeriamonocytogeneswasanalyzedwithEGD-eOnlineCodonW
software;thefactorsincodonusageofListeriamonocytogenesEGD-ewaspresumedbyusingcorrespondenceanalysis
andNc-plo;tthemajorpreferencecodonsingenomeofListeriamonocytogenesEGD-ewasdefinedbyusinghigh-
expressioncodon.ResultsTheGCcontentinthegenomeofListeriamonocytogenesEGD-ewasonly37%,andthe
codonendedwithUorAwasusedfrequently;correspondenceanalysisshowedthattherewasasignificantcorrelation
(R=-0.182,P<0.01)betweenthegenepositiononthefirstaxisandG+Ccontentandasignificantcorrelation
(R=-0.740,P<0.01)betweenthegenepositiononthefirstaxisandCAI.Moreover,thecorrelationwiththelatter
wassignificantlyhigherthantheformer.ConclusionThecodonusagepatterninthegenomeofListeriamonocytogenes
EGD-ehadcertainbias;thegeneexpressionlevelofgenesinListeriamonocytogenesEGD-emightbethemainfactor
influencingcodonusagebias.Thecodonusagebiaswasalsoaff