哈锐炭疽菌转录组分析及其基因组DNA提取和测序的中期报告.docx

哈锐炭疽菌转录组分析及其基因组DNA提取和测序的中期报告
概述：
哈锐炭疽菌（Bacillusanthracis）是一种潜在的生物恐怖主义威胁菌，是炭疽病原菌中最致命的一种。本项目旨在通过转录组分析揭示哈锐炭疽菌的生物学特性及其与宿主相互作用机制，并对其基因组进行测序和分析。
进展情况：
1.RNA提取和RNA测序
本项目已完成4个不同生长条件下（生长不同时间、不同培养基），哈锐炭疽菌全基因组RNA的提取和RNA测序。其中，每个条件下各测序了三个生物学重复样品，数据量达到了100G。
2.转录组数据分析
对于RNA测序数据，我们使用HISAT2软件进行比对，并使用StringTie工具计算每个基因的表达量和表达位点。使用edgeR软件比较不同生长条件下的基因表达谱，找到了不同条件下表达显著变化的基因。我们也使用DAVID进行了GOpathwayenrichment分析。
3.基因组DNA提取和测序
我们从哈锐炭疽菌培养物中提取了基因组DNA，进行了测序。测序数据已完成初步的qualitycontrol，准备进行进一步的基因组组装和注释。
计划下一步工作：
1.基因组组装和注释
使用SPAdes软件和NCBI自动化注释流程，对测序数据进行基因组组装和注释。
2.转录组数据分析
继续对比不同培养条件下基因表达谱差异，分析如何营造潜在寄主微环境以支持炭疽菌生长。
3.基因组比较
与其他炭疽菌比较，寻找哈锐炭疽菌的基因组差异，进一步分析其生物学特性和与宿主相互作用机制。
参考文献：
1.DixonTC,FadlAA,KoehlerTM,etal.EarlyBacillusanthracis-macrophageinteractions:intracellularsurvivalandescape.CellMicrobiol,2000,2(6):453-463.
2.KorenS,PhillippyAM.Onechromosome,onecontig:completemicrobialgenomesfromlong-readsequencingandassembly.CurrOpinMicrobiol,2015,23:110-120.
3.LiH,RuanJ,DurbinR.MappingshortDNAsequencingreadsandcallingvariantsusingmappingqualityscores.GenomeRes,2008,18(11):1851-1858.