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绵羊囊胚和孵化囊胚的转录组测序分析的中期报告
这里是绵羊囊胚和孵化囊胚的转录组测序分析的中期报告，我们先介绍一下我们的研究目的和研究流程。
研究目的：
-探究绵羊囊胚和孵化囊胚在转录组水平上的差异，分析差异基因及其功能和通路富集情况。
-分析绵羊囊胚和孵化囊胚的转录组变化规律，揭示其发育过程中的关键转录因子和调控网络。
研究流程：
-样本采集：收集绵羊囊胚和孵化囊胚各10个样本。
-RNA提取和测序：提取样本中的总RNA，构建文库，进行IlluminaHiSeq高通量测序。
-质控和过滤：对原始测序数据进行质控和过滤，去除低质量和冗余序列。
-序列比对和注释：利用Bowtie2软件将高质量测序数据比对到参考基因组上，利用Cufflinks对比对结果进行注释。
-差异基因分析：运用DESeq2对样本之间的差异基因进行筛选和分类，确定差异表达的基因。
-功能注释和通路富集分析：使用KEGG、GO等数据库对差异表达基因进行功能和通路富集分析。
-转录因子调控网络构建：利用WGCNA软件对差异表达基因进行共表达模块构建，形成调控网络。
目前，我们已完成了样本采集、RNA提取和测序、质控和过滤、序列比对和注释等步骤，得到了高质量的转录组数据。下一步，我们将运用DESeq2进行差异基因分析，并进行功能和通路富集分析，以及构建转录因子调控网络，进一步探究绵羊囊胚和孵化囊胚之间的转录组差异和其发育过程中的调控网络。