一种基因扩增方法及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114107451A(43)申请公布日2022.03.01(21)申请号202110946873.1C12Q1/6883(2018.01)(22)申请日2021.08.18C12Q1/6886(2018.01)C12N15/11(2006.01)(66)本国优先权数据202010892382.92020.08.31CN(71)申请人上海吉凯医学检验所有限公司地址201321上海市浦东新区紫萍路908弄29号申请人上海吉凯基因医学科技股份有限公司(72)发明人何逖覃嘉嘉田进(74)专利代理机构北京市金杜律师事务所11256代理人孟凡宏(51)Int.Cl.权利要求书3页说明书46页C12Q1/6858(2018.01)序列表52页附图15页(54)发明名称一种基因扩增方法及其应用(57)摘要本发明提供了一种扩增方法，包括利用一对锁核酸修饰的扩增引物对目的基因及其竞争物同时进行扩增。本方法能用于控制竞争物的扩增效率，以使所述竞争物的扩增效率接近或优选等于所述目的基因的扩增效率。CN114107451ACN114107451A权利要求书1/3页1.一种扩增方法，包括利用一对锁核酸修饰的扩增引物对目的基因及其竞争物同时进行扩增。2.权利要求1所述的方法，其用于控制所述竞争物的扩增效率，以使所述竞争物的扩增效率接近或优选等于所述目的基因的扩增效率。3.权利要求1‑2中任一项所述的方法，其中所述扩增引物对中的一个或两个引物被锁核酸修饰；优选其中所述扩增引物对中的一个或两个引物的一个或多个位置的碱基被锁核酸修饰；更优选其中所述扩增引物对中的一个或两个引物的3’末端的碱基被锁核酸修饰。4.权利要求1‑3中任一项所述的方法，其中所述目的基因选自下组的基因或其不同组合：SMN1、SMN2、ALK、RET、ROS1、NTRK1、NTRK2、NTRK3。5.权利要求4所述的方法，其中扩增引物选自SEQIDNO:1‑72中所述序列或其不同组合。6.权利要求1‑5中任一项所述的方法，其中所述竞争物包含一段与所述目的基因序列相比存在不同碱基的核苷酸序列，所述不同碱基的数量为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个。7.权利要求6所述的方法，其中所述不同碱基中的至少1个位于竞争物对应于扩增引物对的核苷酸序列之中；优选地，所述不同碱基中的至少1个位于竞争物对应于扩增引物对被锁核酸修饰的碱基的核苷酸位点。8.权利要求1‑7中任一项所述的方法，其中所述扩增引物对中的一个或两个引物的3’末端的碱基被锁核酸修饰，且所述扩增引物对中被锁核酸修饰的碱基对应的所述目的基因的碱基和其竞争物的碱基不同。9.权利要求1‑8中任一项所述的方法，其中所述竞争物为人工合成的单链或双链核酸分子；优选为人工合成的单链或双链DNA分子；更优选为人工合成的质粒。10.权利要求1‑9中任一项所述的方法，其中所述竞争物选自SEQIDNO:113‑145中所述序列或其不同组合。11.权利要求1‑10中任一项所述的方法，其中所述竞争物的终浓度为0.05‑250ng/μl、0.1‑200ng/μl、0.1‑150ng/μl、0.1‑100ng/μl、0.1‑90ng/μl、0.1‑80ng/μl、0.1‑70ng/μl、0.1‑60ng/μl、0.1‑50ng/μl、0.1‑40ng/μl、0.1‑30ng/μl、0.1‑20ng/μl、0.1‑10ng/μl、0.5‑100ng/μl、0.5‑90ng/μl、0.5‑80ng/μl、0.5‑70ng/μl、0.5‑60ng/μl、0.5‑50ng/μl、0.5‑40ng/μl、0.5‑30ng/μl、0.5‑20ng/μl、0.5‑10ng/μl、1‑100ng/μl、1‑90ng/μl、1‑80ng/μl、1‑70ng/μl、1‑60ng/μl、1‑50ng/μl、1‑40ng/μl、1‑30ng/μl、1‑20ng/μl、1‑10ng/μl、5‑100ng/μl、5‑90ng/μl、5‑80ng/μl、5‑70ng/μl、5‑60ng/μl、5‑50ng/μl、5‑40ng/μl、5‑30ng/μl、5‑20ng/μl、5‑10ng/μl、10‑100ng/μl、10‑90ng/μl、10‑80ng/μl、10‑70ng/μl、10‑60ng/μl、10‑50ng/μl、10‑40ng/μl、10‑30ng/μl或10‑20ng/μl。12.权利要求1‑11中任一项所述的方法，其中所述竞争物的加样量为5‑80ng、10‑70ng、15‑60ng、20‑50ng、20‑40ng或20‑30ng，优选为20‑40ng。13.权利要求1‑12中任一项所述的方法，其中所述方法用