用于核酸检测的被编码的双链探针及其用途.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114196732A(43)申请公布日2022.03.18(21)申请号202110510349.X(22)申请日2016.03.20(30)优先权数据62/135,6442015.03.19US(62)分案原申请数据201680029043.X2016.03.20(71)申请人康代思锐公司地址美国加利福尼亚州(72)发明人雷小军袁元余国良李强(74)专利代理机构北京市君合律师事务所11517代理人张怡顾云峰(51)Int.Cl.C12Q1/6818(2018.01)权利要求书3页说明书10页附图4页(54)发明名称用于核酸检测的被编码的双链探针及其用途(57)摘要本公开提供了使用多个被编码的(IDed)双链探针检测样品中多重目标核酸序列的方法。每个被编码的双链探针包含一段与编码物质连接的双链核酸杂交探针。还提供了使用多个被编码的双链探针测定核酸序列的方法。CN114196732ACN114196732A权利要求书1/3页1.一种检测样品中多重目标核酸序列的方法，其中所述多重目标核酸序列至少包含第一目标序列和第二目标序列，所述方法包含以下步骤：a)使待测样品在杂交温度下至少与第一被编码探针和第二被编码探针接触，其中所述第一被编码双链探针包含：(1)第一双链核酸杂交探针，所述第一双链核酸杂交探针由以下组成：i)第一寡核苷酸，所述第一寡核苷酸包含与所述第一目标序列互补的第一序列；ii)第二寡核苷酸，所述第二寡核苷酸包含与所述第一序列互补但比所述第一序列短长达10个核酸的第二序列；iii)连接所述第一个或第二个寡核苷酸之一的第一荧光基团；iv)连接在不与所述荧光基团相连的所述第一或第二寡核苷酸的第一荧光淬灭基团，其中当所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸杂化时，所述第一荧光淬灭基团可以淬灭所述第一荧光基团；和(2)和所述第一双链核酸杂交探针连接的第一被编码底物；其中所述第二被编码双链探针包含：(1)第二双链核酸杂交探针，所述第二双链核酸杂交探针有以下组成：i)第三寡核苷酸，所述第三寡核苷酸包含与第二个目标序列互补的第三序列；ii)第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸包含与第三序列互补但比所述第三序列短长达10个核酸的第四序列，；iii)连接所述第三或第四寡核苷酸之一的第二荧光基团；iv)连接在不与所述荧光基团相连的所述第三或第四寡核苷酸的第二荧光淬灭基团，其中当所述第三寡核苷酸和所述第四寡核苷酸杂化时，所述第二荧光淬灭基团可以淬灭所述第二荧光基团；和(2)和所述第二双链核酸杂交探针连接的第二被编码底物；b)检测由所述第一被编码双链探针发射出的第一荧光信号和由所述第二被编码双链探针发射出的第二荧光信号；并且c)分析所述第一被编码底物和所述第二被编码底物从而确定所述第一和第二目标序列是否存在于样品中。2.权利要求1的方法，其中所述第一寡核苷酸可以在所述第二寡核苷酸存在的情况下，自动的与所述第一目标序列杂化，并且所述第三寡核苷酸可以在所述第二寡核苷酸存在的情况下，自动的与所述第二目标序列杂化。3.权利要求2的方法，其中所述第一寡核苷酸不能够自动的与同所述第一目标序列之间存在一个核苷酸差别的错配序列杂化，和/或，所述第三寡核苷酸不能够自动的与同所述第二目标序列之间存在一个核苷酸差别的错配序列杂化。4.权利要求1的方法，其中所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸杂化产生第一双链平端，所述第一荧光基团和所述第一荧光淬灭基团连接在所述第一平端，和/或所述第三寡核苷酸和所述第四寡核苷酸杂化产生第二双链平端，所述第二荧光基团和所述第二荧光淬灭基团连接在所述第二平端。5.权利要求1的方法，其中所述第一和第二目标序列的长度大概为5～30个核苷酸。2CN114196732A权利要求书2/3页6.权利要求1的方法，其中所述第二寡核苷酸比所述第一序列短1～5个核苷酸，和/或所述第四寡核苷酸比所述第三序列短1～5个核苷酸。7.权利要求1的方法，其中所述第二寡核苷酸比所述第一序列短2～7个核苷酸，和/或所述第四寡核苷酸比所述第三序列短2～7个核苷酸。8.权利要求1的方法，其中所述第一序列与所述第一目标序列100％互补，和/或，所述第三序列与所述第二目标序列100％互补。9.权利要求1的方法，其中所述杂化温度的范围在4℃～B0℃。10.权利要求1的方法，其中所述第一被编码底物与连有所述荧光基团的寡核苷酸相连，和/或所述第一被编码底物与连有所述荧光基团的寡核苷酸相连。11.权利要求1的方法，其中所述第一被编码底物与连有所述荧光淬灭基团的寡核苷酸相连，和/或所述第二被编码底物与连有所述荧光淬灭基团的寡核苷酸相连。12.权利要求1的方法，其中所述第一被编码底物与所述荧光基团或所述荧光淬灭基团相连，和/或所述