西瓜果实大小基因SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115651991A(43)申请公布日2023.01.31(21)申请号202210848264.7(22)申请日2022.07.19(71)申请人中国农业科学院郑州果树研究所地址450009河南省郑州市管城回族区港湾路28号(72)发明人李娜马双武周丹孔胜楠李楠楠尚建立王吉明(74)专利代理机构郑州盈派知识产权代理事务所(普通合伙)41196专利代理师张晓辉樊羿(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页附图1页(54)发明名称西瓜果实大小基因SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了一种西瓜果实大小基因SNP分子标记及其应用，旨在解决对西瓜果实大小主效基因缺乏识别、鉴定方法的技术问题。本发明提供了一种西瓜果实大小基因的SNP位点（基于西瓜97103参考基因组V2版8号染色体第27105097bp处碱基由T突变为C），基于SNP位点的酶切信息设计了CAPS分子标记引物v2ft36。应用该标记进行分子标记辅助选择育种，能以更快速、准确的进行西瓜果实大小的定向遗传改良；通过简便的实验操作和分析即可快速鉴定西瓜果实大小，为西瓜果实大小性状的检测提供了快速、简便、科学实用的检测鉴定技术。CN115651991ACN115651991A权利要求书1/1页1.一种西瓜果实大小基因SNP分子标记，其特征在于，基于西瓜97103参考基因组V2版，位于8号染色体27105097bp处的碱基由中等果实性状的T突变为小果实性状的C。2.一种检测试剂盒，其特征在于，包括MaeII限制性内切酶及如下引物v2ft36：正向引物v2ft36F：5’‑AACACGAATGGGCATCAATA‑3’；反向引物v2ft36R：5’‑CACCAAACGCCAAACTCTTA‑3’。3.权利要求1所述SNP分子标记或权利要求2所述检测试剂盒在西瓜果实大小品种/系选育中的应用。4.一种鉴定西瓜果实大小基因型的方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）提取待鉴定西瓜总DNA后，以权利要求2中所述引物v2ft36进行PCR扩增：（2）以MaeII限制性内切酶酶切上步所得PCR产物；（3）对所得酶切产物进行电泳图谱分析，基于所述扩增产物的条带大小及位置关系确定所属基因型，其中，142bp和211bp两条带代表小果实基因型，353bp的条带代表中等果实基因型。5.根据权利要求4所述的鉴定西瓜果实大小基因型的方法，其特征在于，在所述步骤（1）中，利用植物基因组DNA提取试剂盒TIANGEN提取待鉴定西瓜叶片总DNA。6.根据权利要求4所述的鉴定西瓜果实大小基因型的方法，其特征在于，在所述步骤（1）中，PCR扩增体系为：西瓜叶片总DNA1μL、所述正向引物v2ft36F1μL、所述反向引物v2ft36R1μL、2×PowerTaqPCRMasterMix12.5μL、ddH2O9.5μL；扩增程序为：94℃5min，35个循环的94℃30s、52℃1min、72℃30s，72℃10min。7.根据权利要求4所述的鉴定西瓜果实大小基因型的方法，其特征在于，在所述步骤（2）中，酶切反应体系为：PCR产物5μl，MaeII限制性内切酶0.5μl，10×buffer1.5μl，ddH2O8μl；反应程序为：37℃恒温处理10小时，65℃灭活10分钟。2CN115651991A说明书1/5页西瓜果实大小基因SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及西瓜分子标记辅助育种领域技术领域，具体涉及一种西瓜果实大小基因SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]西瓜（Citrulluslanatus）属葫芦科西瓜属，是世界十大水果之一。我国是世界第一大西瓜生产国和消费国，西瓜的栽培面积和产量均居世界首位。西瓜果实大小是极为重要的性状，然而人们对西瓜栽培品种果实大小变异的遗传学基础知之甚少；因此，研究探索西瓜果实大小的遗传性状可以为西瓜分子育种和遗传改良提供新的方向。[0003]目前，随着三代测序技术的快速发展、成本降低、以及相关生物信息技术的发展，无论模式物种还是非模式物种都能鉴定出大量分子标记位点。分子标记如Indel、SNP可广泛应用于园艺作物遗传图谱的构建、QTL分析、分子标记辅助选择育种等。因此，当前亟待开发一种与西瓜果实大小紧密连锁的、易于操作的、鉴定效率高的、成本较低的分子标记，以期可为西瓜果实大小基因精细定位和分子鉴定研究提供高效的技术手段。[0004]公开于该背景技术部分的信息仅用于加深对本公开的背景技术的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成本领域技术人员所公知的现有技术。发明内容[