一种奶牛NCAM2基因CNV标记辅助检测泌乳性状的方法及其专用试剂盒.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN110564829A(43)申请公布日2019.12.13(21)申请号201910943149.6(22)申请日2019.09.30(71)申请人西北农林科技大学地址712100陕西省咸阳市杨凌示范区邰城路3号(72)发明人黄永震贺花丁晓婷施巧婷文逸凡胡瑞芳张子敬王大会吕世杰蔡翠翠王献伟雷初朝王二耀陈宏(74)专利代理机构西安通大专利代理有限责任公司61200代理人范巍(51)Int.Cl.C12Q1/6858(2018.01)C12Q1/6888(2018.01)权利要求书1页说明书5页序列表1页附图2页(54)发明名称一种奶牛NCAM2基因CNV标记辅助检测泌乳性状的方法及其专用试剂盒(57)摘要本发明公开了一种奶牛NCAM2基因CNV标记辅助检测泌乳性状的方法及其专用试剂盒：利用实时定量PCR技术，以中国荷斯坦奶牛基因组DNA为模板，分别用两对引物P1、P2对牛NCAM2基因的CNV标记位点和内参基因BTF3的一段区域进行扩增，最后利用2*2-ΔΔCt的方法计算并判定个体的拷贝数变异类型，并将结果分为多拷贝型、缺失型和正常型。本发明可在DNA水平上检测与中国荷斯坦奶牛泌乳性状密切相关的CNV标记，可加快奶牛优良产乳性能的选育进程。该方法简单、快速，便于推广应用。CN110564829ACN110564829A权利要求书1/1页1.一种检测奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，包括以下步骤：以奶牛基因组DNA为模板，分别通过实时定量PCR扩增NCAM2基因的CNV区域部分片段以及作为参考的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定奶牛NCAM2基因的拷贝数变异类型。2.如权利要求1所述一种检测奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的NCAM2基因的CNV区域位于牛NCAM2基因参考基因组序列AC_000158.1的14873201位到14876400位。3.如权利要求1所述一种检测奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的拷贝数变异类型是根据2*2-ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2-ΔΔCt>2；缺失型，2*2-ΔΔCt<2；正常型，2*2-ΔΔCt＝2。4.如权利要求1所述一种检测奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的NCAM2基因的CNV区域部分片段的扩增引物对为：上游引物F1：5’-TGGGCAATAGGTGATCCATCC-3’下游引物R1：5’-TCAGCAGGAAAACACAGGCTAT-3’；所述的BTF3基因的部分片段的扩增引物对为：上游引物F2：5’-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3’下游引物R2：5’-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3’。5.如权利要求1所述一种检测奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的实时定量PCR的扩增体系包括10ng/μL模板DNA1.25μL，及10μmol/L的扩增引物对所对应的上、下游引物各0.5μL。6.如权利要求1所述一种检测奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的实时定量PCR的反应程序为：预变性：94℃，2min；扩增反应：94℃变性10s，60℃退火30s，40个循环。7.如权利要求1所述一种检测中国荷斯坦奶牛NCAM2基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的奶牛选自中国荷斯坦奶牛个体。8.如权利要求1-7中任意一项权利要求所述的方法在奶牛分子标记辅助选择育种中的应用。9.如权利要求8所述的应用，其特征在于：所述的NCAM2基因CNV标记与泌乳性状相关；所述的泌乳性状选自产奶量、乳脂率、乳蛋白率或体细胞评分。10.一种奶牛NCAM2基因CNV标记的检测试剂盒，其特征在于：包括用于实时定量PCR中扩增NCAM2基因的CNV标记位点的引物对，所述的CNV标记位点位于牛NCAM2基因参考基因组序列AC_000158.1的14873201位到14876400位内。2CN110564829A说明书1/5页一种奶牛NCAM2基因CNV标记辅助检测泌乳性状的方法及其专用试剂盒技术领域[0001]本发明涉及家畜分子生物学检测领域，具体涉及一种基于实时定量PCR技术检测中国荷斯坦奶牛NCAM2基因CNV标记的方法。背景技术[0002]分子标记辅助选择(molecularmark-assistselection，MAS)可以利用与数量性状相关的分子标记，以标记信息为辅助信息，从分子水平准确快速地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的选择。其能够充分利用遗传标记、系谱和表型信息，与常规育种方法相比，信息量更丰富、选择准确性更高。[0003]DNA分子标记(DNAmolecularmarker)，是反映