一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114410818A(43)申请公布日2022.04.29(21)申请号202210055843.6(22)申请日2022.01.18(71)申请人广东省农业科学院蔬菜研究所地址510640广东省广州市天河区金颖路66号(72)发明人刘文睿孙飘云闫晋强王毅谢大森江彪王敏杨松光罗陈史绍琪(74)专利代理机构广州知友专利商标代理有限公司44104代理人宣国华刘艳丽(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页序列表1页附图1页(54)发明名称一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物及其应用(57)摘要本发明公开了一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物，所述Indel分子标记引物包括上游引物BhFS‑F和下游引物BhFS‑R，其中所述上游引物BhFS‑F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，所述下游引物BhFS‑R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。该引物能产生168bp的大果特异性标记BhFS168和173bp的小果特异性标记BhFS173，且重复性好、特异性强。还公开了所述Indel分子标记引物在苗期鉴定冬瓜果实大小表型方面的应用。该应用利用所述Indel分子标记引物，能准确、快速、有效的鉴定冬瓜果实大小。CN114410818ACN114410818A权利要求书1/1页1.一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物，其特征是：所述Indel分子标记引物包括上游引物BhFS‑F和下游引物BhFS‑R，其中所述上游引物BhFS‑F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，所述下游引物BhFS‑R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。2.根据权利要求1所述的Indel分子标记引物，其特征是：所述Indel分子标记引物根据位于冬瓜第10号染色体16809996‑16906354的96.358kb区间内的控制冬瓜果实大小的基因设计获得。3.权利要求1中所述Indel分子标记引物在苗期鉴定冬瓜果实大小表型方面的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特征是包括以下步骤：(1)提取冬瓜新鲜叶片的基因组DNA；(2)以冬瓜基因组DNA为模板，使用权利要求1中的Indel分子标记引物进行PCR扩增；(3)将PCR扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳；(4)对电泳结果进行分析，该Indel分子标记引物能产生如SEQIDNO.3所示的大小为168bp的大果型亲本B227特异性标记FS168以及如SEQIDNO.4所示的大小为173bp的小果型亲本HF3特异性标记FS173，其中大果对小果为显性，同时具有两个亲本特异性标记FS168和FS173的单株或单独具有大果型亲本B227特异性标记FS168的单株，其表型与大果亲本一致为大果，单独具有小果型亲本HF3特异性标记FS173的单株，其表型为小果。5.根据权利要求4所述的应用，其特征是：步骤(2)中PCR扩增时采用的20μL反应体系包括：浓度为100ng·μL‑1的基因组DNA1μL，含Mg2+的10×PCRbuffer2μL，浓度为2.5mM的dNTPs1.5μL，浓度为0.25mmol·L‑1的上游引物BhFS‑F1μL，浓度为0.25mmol·L‑1的下游引物BhFS‑R1μL，Taq酶1U，余量为ddH2O。6.根据权利要求4所述的应用，其特征是：步骤(2)中PCR扩增时采用的扩增程序包括：94℃预变性3min后，94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸1min，35个循环后，72℃终延伸7min，4℃保存。7.根据权利要求4所述的应用，其特征是：步骤(3)中聚丙烯酰胺凝胶电泳时采用质量百分含量为8％的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。2CN114410818A说明书1/5页一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物及其应用技术领域[0001]本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物及其应用。背景技术[0002]果实大小是冬瓜重要的农艺性状，直接决定冬瓜的产量。果实大小是果实完全成熟后的农艺性状，且易受环境影响，是性状改良中的难点。常规育种需要在果实成熟后对果实大小进行鉴定，耗时长、成本高。通过构建遗传群体，BSA‑seq初定位，进一步利用大群体对标记进行加密，进行精细定位并获得与果实大小共分离的分子标记，通过标记辅助选择技术可显著提高果实大小的选择效率、在苗期即对果实大小进行选择，节省育种用地，加快育种进程。发明内容[0003]本发明的目的在于提供一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物，该引物能产生168bp的大果特异性