与棉花纤维强度品质性状关联的SNP分子标记及应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115011729A(43)申请公布日2022.09.06(21)申请号202210757682.5(22)申请日2022.06.29(71)申请人中国农业科学院棉花研究所地址455112河南省安阳市市辖区白璧镇(72)发明人李付广杨召恩于霁雯高晨旭张志斌葛晓阳(74)专利代理机构郑州中鼎万策专利代理事务所(普通合伙)41179专利代理师徐文婷(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)A01H1/04(2006.01)权利要求书4页说明书13页序列表23页(54)发明名称与棉花纤维强度品质性状关联的SNP分子标记及应用(57)摘要本发明公开了与棉花纤维强度品质性状关联的SNP分子标记及应用，属于分子生物学，生物信息学领域。所述SNP分子标记为SEQIDNO.1‑SEQIDNO.126所示核苷酸序列中至少一个。本发明提供所述与陆地棉纤维强度关联的SNP分子标记，在棉花的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否影响，不用分析片段的长度，只需+/‑的分析，适于快速、规模化、自动化筛查，单独或组合使用可辅助鉴定出高、低强度纤维种质材料，能大大节省育种改良的工作。CN115011729ACN115011729A权利要求书1/4页1.与棉花纤维强度品质性状关联的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为SEQIDNO.1‑SEQIDNO.126所示核苷酸序列中至少一个。2.根据权利要求1所述SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子位点于序列第51bp处发生突变，所述SNP分子标记的突变形式如下所示：2CN115011729A权利要求书2/4页3CN115011729A权利要求书3/4页4CN115011729A权利要求书4/4页3.一种权利要求1所述SNP分子标记在鉴定棉花纤维强度品质性状中的应用。4.一种权利要求1所述SNP分子标记在棉花辅助育种中的应用。5.一种权利要求1所述SNP分子标记在棉花种质资源改良中的应用。6.一种检测权利要求1所述SNP分子标记的引物或试剂。7.一种检测权利要求1所述SNP分子标记的试剂盒。8.一种含有权利要求1所述SNP分子标记的基因芯片。9.一种利用权利要求1所述SNP分子标记分析棉花纤维强度的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取待测样品的基因组DNA；(2)以提取的DNA为模板，根据SNP分子标记设计引物，分别进行PCR扩增；(3)根据PCR扩增产物，分析棉花纤维强度。5CN115011729A说明书1/13页与棉花纤维强度品质性状关联的SNP分子标记及应用技术领域[0001]本发明涉及与棉花纤维强度品质性状关联的SNP分子标记及应用，属于分子生物学，生物信息学领域。背景技术[0002]纤维强度是指纤维拉断时所能承受的最大负荷以g、cN表示，是反应棉花纤维品质好坏的指标之一。棉纤维是我国重要的战略物资，在纺织工业中具有重要的经济地位。我国棉花的生产在80年代前主要集中在产量的提高上，没有重视纤维品质的改良，使得我国的主栽棉品种大多产量较高而品质较差。与美国相比，我国棉花纤维长度上有优势，但纤维比强度比美国稍差。随着纺织工业的飞速发展，棉花品种改良的速度落后于纺织技术的发展，目前我国棉花纤维质量可以满足纺织工业纺中、低档棉纱(32～40支纱)的要求，但是纺高支纱(60～80支)的原棉纤维所占比例较少。近年来，我国审定了一些长度在31mm以上，纤维比强度在30cN/tex以上的陆地棉新品种，但品质类型单一，大部分陆地棉栽培品种纤维比强度偏低，因此，培育优质的棉花品种，尤其是纤维比强度高的新品种，成为棉花育种工作的当务之急。[0003]传统的育种方法改良纤维品质，首先要用具有高纤维强度基因种质材料与现有陆地棉品种进行一系列杂交和回交，以打破纤维品质性状与产量性状之间的负相关，但是在每轮回交中都要对纤维品质进行检测，成本很高，工作量很大，而且只能等到收花结束一段时间后才能知道结果，另外，环境对纤维品质也有影响。这就要求必须有较大的育种群体，但这会导致盲目性加大，费时费力，成本加高，品质育种进展缓慢，因此早期通过标记辅助鉴定出高、低强度纤维种质材料，能大大节省育种改良的工作。[0004]利用分子标记技术可以在短时间对群体进行检测，且基因型可识别。利用目标性状与分子标记间的连锁关系，就可对目标性状进行选择，大大提高选择效率。[0005]SNP标记是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生单个核苷酸的突变，是同源序列比对单个位点碱基类型的差异。SNP在基因组中分布广泛、密度大、数目众多，是用于提高育种实践的效率和精确度的一种强有力的基因组工具。发明