与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记的应用及其引物组合物.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115029466A(43)申请公布日2022.09.09(21)申请号202210388545.9(22)申请日2022.04.14(71)申请人中国农业科学院作物科学研究所地址100081北京市海淀区中关村南大街12号国家作物种质库515A(72)发明人周永力李健敏(74)专利代理机构北京纪凯知识产权代理有限公司11245专利代理师关畅(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书2页说明书12页序列表2页附图1页(54)发明名称与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记的应用及其引物组合物(57)摘要本发明公开了一种鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记应用及其引物组合物。该方法包括检测待测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型(等位基因)，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性，所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。该方法可用于预测水稻对白叶枯病的抗性和进行水稻育种。可将检测所述SNP位点多态性和基因型的物质与其他物质(如检测其他与水稻抗白叶枯相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定水稻抗白叶枯品种产品。CN115029466ACN115029466A权利要求书1/2页1.检测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用，(1)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性；(2)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种；(3)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种；(4)水稻育种；(5)制备鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的产品；(6)制备筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；(7)制备筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；(8)制备水稻育种的产品；所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。2.鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的方法，其特征在于：包括检测待测水稻基因组中SNP位点的基因型，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性，所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。3.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的方法，其特征在于：所述SNP位点的基因型为AA、AG或GG，所述GG是所述SNP位点为G的纯合型，所述AA是所述SNP位点为A的纯合型，所述AG是所述SNP位点为A和G的杂合型；所述鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性为如下任一种方式：1)所述SNP位点的基因型为AA或AG的待测水稻为或候选为抗白叶枯病的水稻，2)所述SNP位点的基因型为GG的待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻；3)所述SNP位点的基因型为AA或AG的待测水稻的白叶枯病抗性高于所述SNP位点的基因型为GG的待测水稻，所述SNP位点的基因型为AA的待测水稻的白叶枯病抗性高于所述SNP位点的基因型为AG的待测水稻。4.权利要求2或3所述的方法在水稻育种中的应用。5.水稻育种的方法，其特征在于：所述方法为M1或M2：M1、所述方法包括检测水稻基因组中权利要求1中所述SNP位点的基因型，选择所述SNP位点的基因型为AA或AG的水稻作为亲本进行育种，所述AA是所述SNP位点为A的纯合型，所述AG是所述SNP位点为A和G的杂合型，所述方法的育种的目包括选育具有白叶枯病抗性的水稻；M2、所述方法包括检测水稻基因组中权利要求1中所述SNP位点的基因型，选择所述SNP位点的基因型为GG的水稻作为亲本进行育种，所述GG是所述SNP位点为G的纯合型，所述方法的育种的目包括选育感白叶枯病的水稻。6.用于检测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型的产品，其特征在于：所述产品为权利要求1中所述物质，所述产品为任一种：C1)检测水稻白叶枯病抗性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；C2)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的产品；C3)用于水稻育种的产品；C4)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；C5)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品。2CN115029466A权利要求书2/2页7.根据权利要求1所述的应用或权利要求6所述的产品，其特征在于：所述物质为如下D1)、D2)或D3)：D1)所述物质为扩增包括所述SNP位点在内的水稻基因组DNA片段的引物组合物；D2)所述物质为含有D1)所述引物组合物的PCR试剂；D3)所述物质为含有D1)所述引物组合物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。8.根据权利要求7所述的应用或产品，