一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114959101A(43)申请公布日2022.08.30(21)申请号202210688401.5(22)申请日2022.06.17(71)申请人安徽农业大学地址230036安徽省合肥市蜀山区长江西路130号(72)发明人严胜男曹佳佳常成张海萍卢杰马传喜(74)专利代理机构安徽汇朴律师事务所34116专利代理师刘海涵(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表2页附图1页(54)发明名称一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明提供一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用，具体涉及遗传育种技术领域，SNP位点对应于参考基因组IWGSCRefSeqv1.0版本的小麦6B染色体677353376bp处的A/G碱基突变；根据SNP分子标记开发CAPS标记，所述CAPS标记被命名为6B‑4099，所述6B‑4099具有如SEQIDNO.1所示的核苷酸序列或者如SEQIDNO.2所示的核苷酸序列。CAPS标记用于鉴定小麦抗穗发芽品种。本发明的检测方法简便，有助于提高小麦抗穗发芽分子育种的效率。CN114959101ACN114959101A权利要求书1/1页1.一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分别标记对应于参考基因组IWGSCRefSeqv1.0版本的小麦6B染色体677353376bp处的A/G碱基突变。2.一种利用权利要求1所述的SNP分子标记开发的用于鉴定小麦穗发芽抗性的CAPS标记，其特征在于，所述CAPS标记被命名为6B‑4099，所述6B‑4099的核苷酸序列如SEQIDNO.1或SEQIDNO.2所示。3.一种利用权利要求2所述的CAPS标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法，其特征在于，具体步骤如下：S1、根据权利要求2所述的序列SEQIDNO.1和序列SEQIDNO.2设计特异性引物对，根据权利要求2所述的序列SEQIDNO.1和序列SEQIDNO.2的差异挑选限制性内切酶，使得序列SEQIDNO.1和序列SEQIDNO.2被切割后获得不同切割结果；S2、提取待检测的小麦基因组DNA；S3、以步骤S1设计的特异性引物对对步骤S2提取的DNA进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；S4、使用步骤S1挑选的限制性内切酶对步骤S3获得的PCR扩增产物进行酶切，并对酶切产物进行电泳检测，根据条带数判定小麦品种。4.根据权利要求3所述的CAPS标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法，其特征在于，步骤S1中设计的特异性引物中的上游引物如SEQIDNO.3所示核苷酸序列，下游引物如SEQIDNO.4所示核苷酸序列。5.根据权利要求3或4所述的CAPS标记鉴定小麦抗穗发芽品种的方法，其特征在于，步骤S3中使用的限制性内切酶为Hpy188I，若步骤S4中的酶切产物的电泳条带为一条则为感穗发芽品种，若为若干条则为抗穗发芽品种。2CN114959101A说明书1/7页一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于小麦遗传育种技术领域，具体涉及一种与小麦穗发芽抗性相关的SNP分子标记及其应用。技术背景[0002]小麦在收获前遇到连阴雨天气容易发生籽粒在麦穗上发芽的现象，即收获前穗发芽(Pre‑harvestSprouting，PHS)。PHS不仅会降低小麦产量，而且导致品质劣化，甚至失去种用价值，给农业生产造成严重的经济损失(Xiaoetal.2002)。如，受PHS影响的小麦胚乳中储藏物质(蛋白质、淀粉等)会发生降解，因此营养品质随之下降，种用价值也受到影响；同时，发生PHS的小麦籽粒中的α‑淀粉酶活性增高，导致面团黏性增强，面包弹性差不易被切开，馒头的颜色发暗，黏性增强，面条咬劲变差，口感变劣(Xiaoetal.2002)。据报道，在澳大利亚的新南威尔士州北部和昆士兰州，夏季降雨造成的PHS灾害平均每年影响15％的谷物质量(Mares1993)。在另一个重要的小麦出口国加拿大，种植了大约800万公顷的春小麦、200万公顷的硬粒小麦和40万公顷的冬小麦，每年都会在一定程度上发生PHS带来的品质下降和产量损失(Clarkeetal.2005)。[0003]种子休眠性是穗发芽抗性的主要遗传控制因素。因此，培育种子休眠性强的抗穗发芽小麦品种是收获季节多雨麦区应对穗发芽灾害的最经济、有效且安全的途径。利用分子标记辅助育种技术可以加快抗穗发芽小麦新品种的培育进程。挖掘种子休眠/抗穗发芽基因位点，并开发分子标记是开展分子标记辅助育种的重要前提。[0004]研究表明，小麦种子休眠/抗穗发芽相关位点