水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115094157A(43)申请公布日2022.09.23(21)申请号202210760856.3(22)申请日2022.06.30(71)申请人东北农业大学地址150030黑龙江省哈尔滨市香坊区长江路600号(72)发明人郑洪亮李翀邹德堂王敬国刘化龙杨洛淼辛威贾琰(74)专利代理机构上海怡恩专利代理事务所(普通合伙)31336专利代理师牟俊玲(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表1页附图1页(54)发明名称水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用(57)摘要本发明公开了水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。为鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性；所述基因型为水稻基因组中KASP_COLD1位点的基因型；所述记KASP_COLD1位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。本发明提供了一种水稻苗期耐低温基因COLD1紧密连锁的KASP分子标记开发与应用，具有操作简便、成本低廉、检测周期短、标记稳定、绿色环保等优点，可精准检测水稻苗期耐低温基因COLD1，对促进耐低温水稻育种具有重要意义。CN115094157ACN115094157A权利要求书1/1页1.水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发，其特征在于：为一种鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性；所述基因型为水稻基因组中KASP_COLD1位点的基因型；所述记KASP_COLD1位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或R，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。2.根据权利要求1所述的鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性的方法，其特征在于：所述KASP_COLD1位点的基因型为TT基因型或者TR基因型时，水稻为耐低温或者候选为耐低温所述KASP_COLD1位点的基因型为RR基因型时，水稻为不耐低温或者候选为不耐低温；其中，所述TT基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T的纯合型；所述RR基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为R的纯合型；所述TR基因型表示水稻基因组中所述KASP_COLD1位点的核苷酸种类为T和R的杂合型。3.根据权利要求1所述的与水稻苗期耐低温基因COLD1紧密连锁的KASP标记开发的应用，其特征在于：（1）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻低温耐性中的应用；（2）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定耐低温水稻产品中的应用；（3）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；（4）检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质在选育耐低温的水稻资源中的应用。4.根据权利要求1‑2中任一所述的方法、权利要求3所述的应用，其特征在于：所述检测检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质为如下D1）、D2）或D3）：D1）所述检测检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质含有扩增包括所述KASP_COLD1位点在内的水稻基因组DNA片段的PCR引物；D2）所述检测水稻基因组中KASP_COLD1位点的多态性或基因型的物质为含有所述PCR引物的PCR试剂；D3）含有D1）所述PCR引物或D2）所述PCR试剂的试剂盒。5.根据权利要求4所述的应用、方法，其特征在于：所述PCR引物为P1或P2：P1、所述PCR引物为由核苷酸序列是序列表中SEQIDNo.1的第22‑44位的单链DNA、核苷酸序列是序列表中SEQIDNo.2的第22‑44位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中SEQIDNo.3的单链DNA组成的引物组；P2、所述PCR引物为由序列表中SEQIDNo.1所示的单链DNA、序列表中SEQIDNo.2所示的单链DNA和由序列表中SEQIDNo.3所示的单链DNA的引物组。2CN115094157A说明书1/7页水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用技术领域[0001]本发明涉及水稻苗期耐低温基因COLD1的KASP标记开发及应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。背景技术[0002]水稻(Oryzasativa)是我国三大主