与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP标记、引物组及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115369181A(43)申请公布日2022.11.22(21)申请号202210144071.3(22)申请日2022.02.16(71)申请人湖北省农业科学院粮食作物研究所地址430064湖北省武汉市洪山区南湖大道3号(72)发明人秦丹丹董静许甫超徐晴刘瑞彭严春(74)专利代理机构武汉智嘉联合知识产权代理事务所(普通合伙)42231专利代理师姜婷(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书4页序列表2页附图2页(54)发明名称与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP标记、引物组及其应用(57)摘要本发明属于分子遗传育种技术领域，公开了与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP标记、引物组及其应用，所述SNP分子标记位于大麦HvTUB8基因第三个外显子上且多态性为G/A，所述引物组的序列如SEQIDNO.2～4所示；分子标记和引物组大麦HvTUB8等位基因检测以及大麦育种，通过PARMS技术，该引物组可特异性检测HvTUB8基因的G‑A等位变异，其在大麦青稞穗部形态和籽粒形态相关的新种质创制方面具有重要意义。CN115369181ACN115369181A权利要求书1/1页1.一种与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于大麦HvTUB8基因第三个外显子上且多态性为G/A，所述HvTUB8基因序列如SEQIDNO.1所示。2.用于特异性检测权利要求1所述SNP分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组序列为：HvTUB8‑1061‑F：AGTTGCCGATGAATGTGGAG；HvTUB8‑1061‑Rc:GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAACGTCAAGTCGACGGTGTG；HvTUB8‑1061‑Rt：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAACGTCAAGTCGACGGTGTA。3.如权利要求1所述分子标记在大麦育种中的应用。4.如权利要求2所述引物组在大麦HvTUB8等位基因检测和/或大麦穗部、籽粒性状的选择性育种中的应用。5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，使用权利要求2所述引物组对待测大麦样品的基因组DNA进行PCR反应，扩增完成后用酶标仪读取荧光信号，得到待测大麦样品的基因型；其中，A/A基因型表现为侧小穗呈点状、短芒、颖壳厚、籽粒圆形。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述PCR反应的反应体系为：共100μL；2×PARMSmastermix，5μL；HvTUB8‑1061‑Rc，150nM；HvTUB8‑1061‑Rt，150nM；HvTUB8‑1061‑F，400nM；DNAtemplate，10～100nM；ddH2O余量。7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述PCR反应的反应程序为：94℃，15min；94℃，20s，65～57℃，1min，10个循环；94℃，20s，57℃，1min，30个循环。8.一种检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求1所述的引物组。2CN115369181A说明书1/4页与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP标记、引物组及其应用技术领域[0001]本发明属于分子遗传育种技术领域，具体涉及一种与大麦穗部和籽粒形态相关的调控基因HvTUB8的定位、克隆，以及SNP分子标记的开发和应用。背景技术[0002]大麦(Hordeumvulgare)是全球也是我国第四大禾谷类作物，是典型的“多元”作物，具有食用、饲用、酿造及保健等多种用途，如我国青藏高原地区人民长期以青稞(裸大麦)为主食。与其它近缘禾本科物种不同，大麦的小穗是由一个中间小穗和两个侧小穗所组成的“三联小穗”；根据三联小穗中侧小穗是否可育，将大麦分成六棱(侧小穗可育)和二棱(侧小穗不育)两种类型。[0003]目前已克隆的大麦棱型调控基因共有5个，其中，VRS1位于染色体2H上，编码homeodomain‑leucinezipperclassIprotein(HD‑ZIP1)；VRS2位于染色体5H上，编码拟南芥SHORTINTERNODES(SHI)转录因子的同源基因；VRS3(syn.INTERMEDIUM‑A)位于1H上，编码JumonjiC‑typeH3K9me2/me3demethylase；VRS4(syn.INTERMEDIUM‑E)位于染色体3H上，编码转录因子LATERALORGANBOUNDARIES(LOB)；VRS5(syn.INTERMEDIUM‑C)位于染色体4H上，编码转录因子classIITCP。[0004]发明人在大麦研究过程中，构建了自育品种鄂大麦934(已通过国家农业农村