一种与木薯块根亚麻苦苷含量相关的SNP标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN116024370A(43)申请公布日2023.04.28(21)申请号202211458168.8C12N15/11(2006.01)(22)申请日2022.11.21(71)申请人中国热带农业科学院热带生物技术研究所地址571101海南省海口市龙华区学院路4号申请人中国热带农业科学院三亚研究院(72)发明人付莉莉胡伟丁泽红铁韦韦杨景豪张家明(74)专利代理机构武汉开元知识产权代理有限公司42104专利代理师冯超(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)权利要求书1页说明书4页序列表（电子公布）附图1页(54)发明名称一种与木薯块根亚麻苦苷含量相关的SNP标记及其应用(57)摘要本发明公开了一种与木薯块根亚麻苦苷含量相关的SNP标记及其应用，所述SNP标记的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示；所述SNP标记的核苷酸序列的246bp处有一个SNP位点T/G。该方法首先提取待测木薯样品的DNA；以特异性引物对CG1进行PCR扩增，得到PCR产物；之后查看测序峰图，分析待测木薯样品的基因型，筛选得到低亚麻苦苷含量的木薯材料。本发明可实现低亚麻苦苷含量的木薯材料或其亲本的快速筛选或检测，可显著提高选择效率、缩短低亚麻苦苷木薯材料的培育年限，具有很大的科学价值和经济价值。CN116024370ACN116024370A权利要求书1/1页1.一种与木薯块根亚麻苦苷含量相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记的核苷酸序列如SEQIDNo.1所示；所述SNP标记的核苷酸序列的246bp处有一个SNP位点T/G；该位点命名为SNP12_35990792位点。2.用于获得权利要求1所述SNP标记的特异性引物对，其特征在于：所述引物对CG1如下：引物CG1_F：5’‑CAACTCGGAATCATTTTGCACTT‑3’，引物CG1_R：5’‑GAGAAGATTTGACTGGGGAGAAGA‑3’。3.获得权利要求1所述SNP标记的方法，其特征在于：以木薯基因组DNA为模板和下列引物对进行PCR扩增；引物CG1_F：5’‑CAACTCGGAATCATTTTGCACTT‑3’，引物CG1_R：5’‑GAGAAGATTTGACTGGGGAGAAGA‑3’；得到SNP标记，其核苷酸序列如SEQIDNo.1所示。4.一种筛选或检测低亚麻苦苷含量的木薯材料的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中含有权利要求2所述的特异性引物对CG1。5.一种权利要求4所述试剂盒在筛选或检测低亚麻苦苷含量的木薯材料中的应用。6.一种权利要求4所述试剂盒的使用方法，其特征在于：包括以下步骤：1)提取待测木薯样品的DNA；2)以特异性引物对CG1进行PCR扩增，得到PCR产物；3)将上述PCR扩增产物用1％琼脂糖凝胶电泳检测后进行测序；之后查看测序峰图，分析待测木薯样品的基因型，筛选得到低亚麻苦苷含量的木薯材料。7.根据权利要求6所述使用方法，其特征在于：所述步骤2)中，PCR反应体系为：DNA模板2μl，PCRmix25μl，引物CG1_F2μl，引物CG1_R2μl，d2H2O19μl，共50μl；PCR反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30sec，55℃退火30sec，72℃延伸30sec，35个循环；72℃延伸10min。8.根据权利要求6所述使用方法，其特征在于：所述步骤3)中，根据测序比较结果如下：当PCR产物的246bp位置为T单峰时，待测样品是TT基因型，当PCR产物的246bp位置为TG双峰时，待测样品是TG基因型，当PCR产物的246bp位置为G单峰时，待测样品是GG基因型；则TT基因型的待测样品为低亚麻苦苷含量的木薯材料。2CN116024370A说明书1/4页一种与木薯块根亚麻苦苷含量相关的SNP标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及分子标记育种的技术领域，具体涉及一种与木薯块根亚麻苦苷含量相关的SNP标记及其应用。背景技术[0002]木薯(ManihotesculentaCrantz)是大戟科木薯属多年生植物，其块根富含淀粉，有“淀粉之王”的美称。木薯是世界三大薯类(马铃薯、甘薯、木薯)之一，是世界近六亿人的口粮，为维护世界粮食安全作出了重要贡献。然而，木薯块根中含有氰苷(剧毒)；在木薯被食用之前，块根中的氰苷含量必须降低到安全水平。因此，筛选或培育获得低氰苷含量的木薯材料对木薯育种具有重要意义。[0003]木薯块根含有两种形式的氰苷：亚麻苦苷(Linamarin)和百脉根苷(Lotaustralin)，它们分别由L‑缬氨酸和L‑异亮氨酸通过相同的一组酶(包括CYP79D1、CYP71E7和UGT85K4/UGT85K5)合