一种与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN106636350A(43)申请公布日2017.05.10(21)申请号201610990512.6(22)申请日2016.11.10(71)申请人华智水稻生物技术有限公司地址410013湖南省长沙市芙蓉区远大二路736号杂优中心院内(72)发明人郑秀婷彭佩江南李为国熊艳文李继明(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书6页序列表2页附图2页(54)发明名称一种与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明涉及分子标记，具体公开了一种与白叶枯病抗性基因紧密连锁的SNP分子标记K_060570，其序列如SEQIDNo.2所示，第61bp位点处的碱基为G或A。本发明进一步提供了利用KASP反应可高通量的对水稻材料进行Xa7抗性基因检测的引物组合，及所述分子标记和所述引物组合在检测白叶枯病抗性基因Xa7和在水稻抗病性辅助育种中的应用。本发明应用KASP技术对所寻找到的SNP分子标记进行基因分型，可以快速、精确的检测Xa7基因，大幅提高基因转育的效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等，操作简便，利于高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染、甲醛对人体的危害。CN106636350ACN106636350A权利要求书1/1页1.一种与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，其序列如SEQIDNo.2所示，第61bp位点处的碱基为G或A。2.用于检测权利要求1所述分子标记的引物组合，其特征在于，包括：(1)两条特异性引物：PrimerX：5’-GCTGTAATTTATTTGCTCAACG-3’；PrimerY：5’-TGCTGTAATTTATTTGCTCAACA-3’；(2)一条通用引物：PrimerC：5’-ATGCCCATAAGGCCATAATA-3’。3.含有权利要求2所述引物组合的试剂或试剂盒。4.权利要求2所述的引物组合在检测白叶枯病抗性基因Xa7中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：S1、提取水稻样品基因组DNA；S2、以水稻基因组DNA为模板，利用权利要求2所述引物组合进行KASP反应检测；其中，两条特异性引物分别连接不同的荧光序列；S3、若只检测到引物PrimerY所连荧光序列对应的荧光信号，则判断水稻样品为携带白叶枯病抗性基因Xa7的纯和型；若只检测到引物PrimerX所连荧光序列对应的荧光信号，则判断水稻样品为不携带白叶枯病抗性基因Xa7的纯和型；若同时检测到两种荧光，则判断水稻样品为携带白叶枯病抗性基因Xa7的杂合型。上述应用的实质为前述分子标记的检测方法。6.权利要求1所述分子标记在水稻抗病性辅助育种中的应用，其特征在于，包括如下步骤：S1、提取水稻样品基因组DNA；S2、以水稻基因组DNA为模板，利用权利要求2所述引物组合进行KASP反应检测；其中，两条特异性引物分别连接不同的荧光序列；S3、选择检测到引物PrimerY所连荧光序列对应的荧光信号的水稻样品进行育种。2CN106636350A说明书1/6页一种与白叶枯病抗性基因Xa7紧密连锁的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及分子标记，具体地说，涉及一种与白叶枯病抗性基因紧密连锁的SNP分子标记。背景技术[0002]水稻白叶枯病菌具有生理小种专化性，品种的抗性基本上都是受核基因组中的主效抗性基因控制，自世纪年代日本科学家利用黄玉和兰泰耶玛斯与金南风杂交后代分析其对日本菌群抗性反应，鉴定出并命名个显性抗性基因后，有关水稻白叶枯病抗性基因的鉴定与发掘研究就没停止过。1975年以后，国际水稻研究所(用菲律宾生理小种先后鉴定出个抗病基因(章琦，2007)。其他国家科研人员也相继鉴定出一批抗性基因，但由于各国科学家使用的菌系不同，其鉴定结果缺乏国与国之间的可比性，在一定程度上影响到这一研究领域的进展。因此从1982年开始，IRRI与日本科学家开始合作进行白叶枯病基因鉴定工作，创建了水稻白叶枯病抗性基因鉴别系统，到1987年确认了Xa1、Xa2、Xa3、Xa4、Xa5、Xa6、Xa7、Xa8、Xa10、Xa11、Xa12等11个抗性基因的存在(Ogawaetal.,1987)。随后有更多的基因被鉴定、定位与克隆。截至到目前，已确认和报道的白叶枯抗性基因有38个，命名排序至Xa38(虞玲锦等，2012；国家水稻数据中心)。其中有26个为显性基因，其余为隐性基因；已经被定位的有26个，其中有8个基因已被克隆，分别为Xa1、Xa5、Xa27、Xa1