梅花SSR遗传图谱的构建方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利(10)授权公告号(10)授权公告号CNCN102703586102703586B(45)授权公告日2015.01.07(21)申请号201210156912.910期),120-125.LidanSun,etal.Genome-Wide(22)申请日2012.05.18CharacterizationandLinkageMappingof(73)专利权人北京林业大学SimpleSequenceRepeatsinMei(Prunusmume地址100083北京市海淀区清华东路35号Sieb.etZucc.).《PLOS》.2013,第8卷(第3(72)发明人张启翔孙丽丹程堂仁杨炜茹期),e59562.王佳禄久幸李旭东吴根松等.基于近缘物种SSR引物和(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限EST-SSR序列的梅花SSR引物开发.《北京林业大公司11002学学报》.2011,第33卷(第5期),103-108.代理人王朋飞王加岭审查员曲凯(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)C12N15/11(2006.01)(56)对比文件WO01/49104A2,2001.07.12,全文.黄翠娟.梅花F_1作图群体与框架分子连锁图谱的初步构建.《中国优秀硕士学位论文全文数据库(电子期刊)农业科技辑》.2008,D048-166.吴根松等.梅花EST-SSR与Genomic-SSR的比较研究.《西北农业学报》.2011,第20卷(第权利要求书1页权利要求书1页说明书6页说明书6页序列表34页序列表34页附图1页附图1页(54)发明名称梅花SSR遗传图谱的构建方法(57)摘要本发明提供了梅花SSR遗传图谱的构建方法，其是基于梅花全基因组序列信息开发出SSR引物组的引物序列和扩增方法，所述引物组包含670对SSR引物，并从中筛选出144对核心引物组，用于构建梅花遗传图谱。本发明建立了梅花的SSR分子标记技术体系，获得的SSR核心引物组能够反映出其稳定性、共显性，在基因组中普遍存在，便于统计等优点。利用该套标记可以进行梅花遗传图谱的构建、遗传多样性分析、品种鉴定和分子标记辅助育种等研究，推动梅花遗传学和基因组学的发展。CN102703586BCN10273586BCN102703586B权利要求书1/1页1.梅花SSR遗传图谱的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：1)提取待测梅花亲本与子代的基因组DNA；2)利用生物学软件MISA，在梅花全基因组序列中，挖掘1-6个核苷酸重复单元的SSR标记，并分别针对这些SSR标记设计SSR引物；3)分别利用上述SSR引物，各自以待测梅花亲本和子代的基因组DNA为模版，进行PCR扩增；4)利用生物学软件分析PCR扩增结果，构建出梅花SSR遗传图谱；所述待测梅花亲本是以梅花品种‘粉瓣’为母本，以‘扣子玉蝶’为父本；步骤2)中设计的SSR引物如序列表中所示的144对核心引物。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中进行PCR扩增反应之前，分别用FAM、HEX和TEMRA三种荧光对所述144对核心引物的上游引物进行荧光标记。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述步骤4)为：利用生物学软件分析PCR扩增结果，利用卡平方检验作图群体符合孟德尔期望分离比为1:2:1、1:1或1:1:1:1的标记，P<0.05，过滤掉SSR标记中偏分离的标记，构建出梅花SSR遗传图谱。2CN102703586B说明书1/6页梅花SSR遗传图谱的构建方法技术领域[0001]本发明涉及分子生物学、遗传学和基因组学领域，具体地说，涉及梅花SSR遗传图谱的构建方法。背景技术[0002]梅花(PrunusmumeSieb.etZucc.)属于蔷薇科李属，原产于我国川、滇、藏、贵等地区，已有3000多年的栽培历史，是我国重要的木本观赏花卉。但是由于缺乏大量的多态性分子标记，其遗传学和基因组学方面的研究滞后于蔷薇科其他植物。[0003]目前在木本观赏花卉的遗传学分析中，应用较多的主要是RAPD、ISSR、AFLP等分子标记，但是这些标记大多是采用无全基因组序列信息的技术开发得到，虽然具有一定的应用价值，但是随机性强、稳定性差。而简单重复序列(simplesequencerepeat，SSR)标记，也称为微卫星DNA(Macrosatellite)，是一种由1-6个核苷酸为单位多次串联重复的长达几十甚至几百个核苷酸的序列。由于SSR标记具有重复性好、稳定性强、多态性高、共显性遗传和在基因组中普遍存在等优点，广泛应用于植物遗传图谱的构建、品种鉴定、遗传多样性分析、DNA指纹图谱的构建和分子标记辅助育种等研究。随着测序技术的发展和成本的降低，许多的植物均已完成全基因组