用于定相测序的方法和组合物.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN110139931A(43)申请公布日2019.08.16(21)申请号201780067754.0(74)专利代理机构北京安信方达知识产权代理有限公司1(22)申请日2017.08.301262代理人贺淑东(30)优先权数据62/381,5472016.08.30US(51)Int.Cl.C12N15/10(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日C12P19/34(2006.01)2019.04.30C40B20/04(2006.01)(86)PCT国际申请的申请数据PCT/US2017/0494962017.08.30(87)PCT国际申请的公布数据WO2018/045109EN2018.03.08(71)申请人梅塔生物科技公司地址美国加利福尼亚州(72)发明人图瓦尔·本-耶海兹克尔权利要求书5页说明书39页附图37页(54)发明名称用于定相测序的方法和组合物(57)摘要本公开内容提供了用于对核酸分子的复杂群体进行分子标记的方法和组合物。本公开内容提供了从高通量核酸测序数据获得标记的核酸分子的相位信息的方法和组合物。CN110139931ACN110139931A权利要求书1/5页1.一种方法，其包括：a)提供包含多个核酸的样品，其中所述多个核酸包含核酸链，其中所述核酸链包含含有延长序列和分子条形码的衔接子，其中所述延长序列与所述核酸链中的核酸序列的至少一部分互补；b)使所述延长序列与所述核酸链中的所述核酸序列的所述部分退火，从而生成部分双链体核酸链，其中所述部分双链体核酸链包含含有单链区的5’部分和含有与所述核酸序列的所述部分形成分子内双链体的所述延长序列的3’部分；以及c)使用所述部分双链体核酸链的所述5’部分作为模板，用聚合酶延伸所述延长序列，从而生成延伸的核酸。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链在单链核酸中。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链在双链核酸中。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链的3’端包含所述衔接子。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述衔接子的3’端包含所述延长序列。6.根据权利要求1所述的方法，其中所述延伸的核酸包含含有杂交区和非杂交区的茎环结构。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述杂交区包含第一链和第二链，其中所述第一链包含所述延伸的核酸的5’端，并且所述第二链包含所述延伸的核酸的3’端。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述第二链的5’端包含所述延长序列。9.根据权利要求7所述的方法，其中所述非杂交区在所述第一链的3’侧。10.根据权利要求7所述的方法，其中所述非杂交区的3’端包含所述分子条形码。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链包含DNA。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链包含cDNA。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链包含基因组DNA。14.根据权利要求1所述的方法，其中包含所述衔接子的所述核酸链由基因组DNA生成。15.根据权利要求1所述的方法，其中包含所述衔接子的所述核酸链由无细胞核酸生成。16.根据权利要求1所述的方法，其中包含所述衔接子的所述核酸链由来自细胞的核酸生成。17.根据权利要求1所述的方法，其中包含所述衔接子的所述核酸链由来自生物样品的核酸生成。18.根据权利要求1所述的方法，其中包含所述衔接子的所述核酸链由来自无细胞样品的核酸生成。19.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸链由RNA生成。20.根据权利要求19所述的方法，其进一步包括在步骤a)之前逆转录所述RNA。21.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括将所述衔接子附加到核酸分子上，以生成包含所述衔接子的所述核酸链。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述附加通过连接进行。23.根据权利要求21所述的方法，其中所述附加通过聚合酶链反应(PCR)进行。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述PCR用包含与所述第一衔接子互补的序列的2CN110139931A权利要求书2/5页寡核苷酸进行。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述寡核苷酸进一步包含与模板核酸的至少一部分互补的序列。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述寡核苷酸的3’端包含与所述模板核酸的所述至少一部分互补的所述序列。27.根据权利要求25所述的方法，其中与所述模板核酸的所述至少一部分互补的所述序列包含随机序列。28.根据权利要求25所述的方法，其中与所述模板核酸的所述至少一部分互补的所述序列包含与所述模板核酸的所述部分的完全互补性。29.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括在所述附加后纯化包含所述第一衔接子的所述核酸链。30.根据权利要求29所述的方法，其中所述纯化包括在步骤a之前去