一种水稻粒长基因qGL3的分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN106755434A(43)申请公布日2017.05.31(21)申请号201611240087.5(22)申请日2016.12.28(71)申请人海南波莲水稻基因科技有限公司地址570125海南省海口市紫荆路2-1号紫荆信息公寓26A(72)发明人黄培劲龙湍李佳林唐杰刘昊张维李新鹏安保光曾翔吴永忠(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人陈征(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页序列表1页附图1页(54)发明名称一种水稻粒长基因qGL3的分子标记及其应用(57)摘要本发明提供了一种水稻粒长基因qGL3的分子标记和应用，属于植物生物技术领域。本发明的水稻粒长基因qGL3分子标记通过两条正向引物和一条反向引物PCR扩增得到，前述引物的核苷酸序列分别如SEQIDNO.1-3所示。利用该水稻粒长基因qGL3的分子标记，只需通过简单的PCR即可完成对水稻粒长基因qGL3的基因分型，预测水稻粒长变异。本发明具有操作简便、分型快速、结果准确、成本低廉等优势，能提高性状选择效率，满足大规模分子标记辅助选择的需求。CN106755434ACN106755434A权利要求书1/1页1.一种水稻粒长基因qGL3的分子标记，其特征在于，该分子标记通过核苷酸序列如SEQIDNO.1-3所示的引物PCR扩增得到。2.权利要求1所述的分子标记在鉴定水稻粒长基因qGL3基因型中的应用。3.权利要求1所述的分子标记在水稻育种中的应用。4.用于检测水稻粒长基因qGL3的特异性引物组合，其特征在于，含有核苷酸序列如SEQIDNO.1-3所示的引物。5.权利要求4所述的特异性引物组合在鉴定水稻粒长基因qGL3基因型中的应用。6.权利要求4所述的特异性引物组合在水稻种质资源改良中的应用。7.检测水稻粒长基因qGL3基因型的方法，其特征在于，对待测样本提取基因组DNA后，利用SEQIDNO.1所示的正向引物、SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示的反向引物进行PCR，对PCR扩增产物大小进行分析，根据PCR产物大小确定qGL3的基因型。8.一种预测水稻粒长的方法，其特征在于，对待测样本提取基因组DNA后，利用SEQIDNO.1所示的正向引物、SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示的反向引物进行PCR，对PCR扩增产物大小进行分析，根据PCR产物大小推测水稻粒长变化。9.如权利要求7或8所述的方法，其特征在于，PCR的反应体系为：Biomiga的2×BenchTopTMTaqmastermix4μL，10μM的一个正向、两个反向引物各0.5μL，10％DMSO0.5μL，模板DNA50ng，补ddH2O至10μL；PCR反应条件为：94℃，4min；94℃，20s，60℃，20s，72℃，25s，共35个循环；72℃，5min，16℃，1min。10.含有权利要求4所述的特异性引物组合的试剂盒。2CN106755434A说明书1/5页一种水稻粒长基因qGL3的分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于植物生物技术领域，具体地说，涉及一种水稻粒长基因qGL3的分子标记及其应用。背景技术[0002]水稻是我国最主要的粮食作物之一，全国有超过一半的人口以稻米为主食。水稻谷粒形状是水稻的一个重要农艺性状，由谷粒的长、宽、厚等三维尺寸共同决定。在谷粒灌浆良好的情况下，谷粒形状大小决定了谷粒重量的大小进而影响到水稻产量。此外谷粒形状还是衡量稻谷质量的重要指标，国家标准规定优质籼稻的谷粒形状必须达到长宽比2.8以上(GB/T1789-1999,《优质稻谷》)。因此，粒型的改良一直是水稻遗传育种的目标之一。粒长性状由于与水稻产量和品质关系最为密切，尤其受到育种家重视。[0003]水稻粒长是一个受多遗传位点控制的典型数量性状。目前已有超过75个和水稻粒长有关的数量性状位点被定位，其中一些遗传效应较大的位点已被克隆，例如qGL3基因(http://archive.gramene.org/qtl/)。qGL3基因是水稻粒长的负调控基因，属半显性基因，位于第3染色体长臂中部，登录号为LOC_Os03g44500。该基因全长8758核苷酸，编码区长3012核苷酸，由21个外显子和20个内含子组成，为组成型表达，编码一个含有两个Kelch结构域的丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶。该磷酸酶定位于细胞核与细胞质中，能够通过将底物Cyclin-T1；3去磷酸化参与抑制颖壳细胞分裂从而调控颖壳长度。在N411、WY3、CW23等品种中，qGL3基因编码区第1092位核苷酸由C突变为A，导致qGL3蛋白第二个Kelch结构域内保