DNA编码化合物文库起始片段及其制备和应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115506036A(43)申请公布日2022.12.23(21)申请号202210708699.1(22)申请日2022.06.21(66)本国优先权数据202110693698.X2021.06.22CN(71)申请人中国科学院上海药物研究所地址201203上海市浦东新区张江祖冲之路555号(72)发明人王璇索延瑞张雨晴刘小红郑明月蒋华良陆晓杰(74)专利代理机构上海一平知识产权代理有限公司31266专利代理师徐迅高一平(51)Int.Cl.C40B50/10(2006.01)C40B40/08(2006.01)权利要求书5页说明书24页附图5页(54)发明名称DNA编码化合物文库起始片段及其制备和应用(57)摘要本发明提供了一种新型DNA编码化合物文库起始片段的构建方法。本发明的构建方法包括如下步骤：提供一个具有编码区和功能区的起始片段，功能区上有至少一个反应位点，编码区为两条互补的脱氧核糖核苷酸单链。本发明提供的方法操作简单，条件温和，收率较高，对医药领域的发展具有促进作用。CN115506036ACN115506036A权利要求书1/5页1.一种构建DNA编码化合物文库起始片段的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：(1)提供多官能团骨架化合物L；(2)使所述多官能团骨架化合物L与化合物A2‑C2‑ssDNA1、化合物A3‑C3‑ssDNA2以及化合物R‑C1‑A1反应，从而形成式I化合物，即DNA编码化合物文库起始片段；其中，R为起始片段功能区的反应位点；L为多官能团骨架；C1为用于连接所述多官能团骨架L与所述功能区的第一化学链；C2为用于连接所述多官能团骨架L与编码区ssDNA1的第二化学链；C3为用于连接所述多官能团骨架L与编码区ssDNA2的第三化学链；A1为用于连接C1和L的第一链接化学键；A2为用于连接C2和L的第二链接化学键；A3为用于连接C3和L的第三链接化学键；每个X各自独立地为无或化学切割位点，且所述X位于C2或C3上任何位置；ssDNA1和ssDNA2各自独立为单链DNA，并且ssDNA1和ssDNA2是序列互补的。2.一种构建DNA编码化合物文库起始片段的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：(a)在惰性溶剂中，使化合物A2‑C2‑ssDNA1与多官能团骨架化合物L进行反应，从而形成式Ia化合物；(b)在惰性溶剂中，使所述式Ia化合物与化合物A3‑C3‑ssDNA2进行反应，从而形成式Ib化合物；(c)在惰性溶剂中，使所述式Ib化合物与化合物R‑C1‑A1进行反应，从而形成式I化合物，即DNA编码化合物文库起始片段；2CN115506036A权利要求书2/5页其中，在式I、式Ia和式Ib中，R为起始片段功能区的反应位点；L为多官能团骨架；C1为用于连接所述多官能团骨架L与所述功能区的第一化学链；C2为用于连接所述多官能团骨架L与编码区ssDNA1的第二化学链；C3为用于连接所述多官能团骨架L与编码区ssDNA2的第三化学链；A1为用于连接C1和L的第一链接化学键；A2为用于连接C2和L的第二链接化学键；A3为用于连接C3和L的第三链接化学键；每个X各自独立地为无或化学切割位点，且所述X位于C2或C3上任何位置；ssDNA1和ssDNA2各自独立为单链DNA，并且ssDNA1和ssDNA2是序列互补的。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的第一化学链C1、第二化学链C2和第三化学链C3的主链(mainchain)的主链原子选自下组：C、O、N、P、或其组合，并且所述的第一化学链C1、第二化学链C2和第三化学链C3为饱和或不饱和的化学链。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述C1为取代或未取代的‑(L1)n1‑，其中，各个L1各自独立地选自下组：CH2，CH、C、NH、C(O)、N、氧原子、硫原子、磷原子；n1为3‑30的正整数，较佳地5‑25；所述C2为取代或未取代的‑(L2)n2‑，其中，各个L2各自独立地选自下组：CH2，CH、C、NH、C(O)，N、氧原子、硫原子、磷原子、或剪切位点X；n2为3‑30的正整数，较佳地5‑25；所述C3为取代或未取代的‑(L3)n3‑，其中，各个L3各自独立地选自下组：CH2，CH、C、NH、C(O)，N、氧原子、硫原子、磷原子、或剪切位点X；n3为3‑30的正整数，较佳地5‑25；附加条件是，至少一个L2和L3为剪切位点X；并且，所述的取代指基团上的一个或多个氢原子被选自下组的取代基取代：O、C1‑C4烷基、‑OH、C1‑C4烷基‑OH、或其组合。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的第一链接化学键A1、第二链接化学键A2和第三链接化学键A3各自独立地选自下组：化学键、酰胺键