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本发明提供了一种MRAM芯片结构的制作方法。制作方法包括:提供表面具有阵列区和逻辑区的衬底,阵列区和逻辑区中具有底电极和磁性隧道结;在磁性隧道结上形成层叠设置的顶电极和掩膜层,底电极、磁性隧道结和顶电极构成磁性隧道结单元;在衬底上形成包裹掩膜层和磁性隧道结单元的第一介质层;沿第一介质层的表面进行平坦化处理,以使掩膜层或顶电极具有裸露表面;在磁性隧道结单元远离衬底的一侧形成互连线,使互连线分别与阵列区中的磁性隧道结单元以及逻辑区中的衬底连接。通过使阵列区和逻辑区中的介质层在研磨后厚度具有均一性,再在介质层上形成互连线,避免了由于阵列区和逻辑区中介质层的厚度差而导致的对后续工艺稳定性的影响。