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本申请公开了一种测量核酸修饰酶活性并筛选酶促反应的一个或多个可变元件的多重化方法。该方法包括:(i)提供编码DNA/RNA靶位点和待测试的可变元件例如核酸修饰酶变体的多核苷酸构建体文库,(ii)将多核苷酸构建体的单拷贝与体外转录翻译(IVVT)试剂一起分区,(iii)允许在每个隔室中表达核酸修饰酶和DNA/RNA靶位点的IVVT反应,(iv)取决于编码的核酸修饰酶的功能性,单个多核苷酸构建体/RNA靶标被裂解、保持完整或以其他方式被修饰,和(v)通过测序对裂解的、完整的或修饰的多核苷酸构建体/RNA靶标定量,从而直接鉴定与每个可变元件相关的酶活性并对该酶活性定量。特别地,核酸修饰酶是CRISPR相关蛋白(Cas)。