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本发明属于分子生物学技术领域,本发明公开了一种肺炎衣原体的MNP标记组合、引物对组合、试剂盒及其应用,所述MNP标记组合包括以AE001363为参考基因组的MNP?1~MNP?15的15个标记,具体的核苷酸序列如SEQIDNO.1?SEQIDNO.15所示;所述引物核苷酸序列如SEQIDNO.16?SEQIDNO.45所示。所述MNP标记组合能特异的鉴定肺炎衣原体并检测变异;所述引物互不干扰,综合多重扩增和测序技术,可一次性对多样本的所有标记组合进行序列分析,具有高通量、多靶点、高灵敏、高精准和免培养的技术优势,可应用于大规模样本的肺炎衣原体的鉴定和遗传变异监测,对肺炎衣原体的科研和防疫监测均具有重要意义。