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本发明属于分子生物学技术领域,本发明公开了一种鼠疫杆菌的MNP标记组合、引物对组合、试剂盒及其应用,所述MNP标记位点是指在金黄色葡萄球菌基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域,包括MNP?1~MNP?15的标记位点;所述引物对组合包括15对引物,具体核苷酸序列如SEQIDNO.1?SEQIDNO.30所示。所述MNP标记组合能特异的鉴定鼠疫杆菌并精细地区分不同的小种;所述引物互不干扰,综合多重扩增和测序技术,可一次性对多样本的所有标记组合进行序列分析,具有高通量、多靶点、高灵敏、高精准和免培养的检测优势,可应用于大规模样本的鼠疫杆菌的鉴定和遗传变异检测,对鼠疫杆菌的科研和防疫监测均具有重要意义。