一种检测肺腺癌EGFR突变的基因组合物及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115910204A(43)申请公布日2023.04.04(21)申请号202211395976.4(22)申请日2022.11.09(71)申请人复旦大学附属中山医院地址200032上海市徐汇区医学院路136号(72)发明人詹成梁嘉琪卞赟艺毕国澍张欢隋启海(74)专利代理机构上海申汇专利代理有限公司31001专利代理师翁若莹(51)Int.Cl.G16B20/50(2019.01)G16B40/00(2019.01)C12Q1/6886(2018.01)权利要求书1页说明书4页附图2页(54)发明名称一种检测肺腺癌EGFR突变的基因组合物及其应用(57)摘要本发明公开了一种检测肺腺癌EGFR突变的基因组合物及其应用。所述基因组合物由CST5、ENPP3、FNDC5、GLIS2、IFNLR1、LRRC31、PSPH、TNFRSF10B组成。本发明通过运用limma包筛选与肺腺癌EGFR突变密切相关的差异基因，通过Lasso回归和logistic回归构建上述基因表达组成的评分Score，可用于肺腺癌EGFR突变的检测。实验验证该评分检测模型方法具有灵敏度高、特异度高的特点，同时性价比高，具有广泛的应用前景。CN115910204ACN115910204A权利要求书1/1页1.一种检测试剂在制备检测肺腺癌EGFR突变的试剂盒中的应用，其特征在于，所述检测试剂由检测以下基因表达量的试剂组成：CST5、ENPP3、FNDC5、GLIS2、IFNLR1、LRRC31、PSPH和TNFRSF10B；所述检测试剂作为试剂盒实现检测肺腺癌EGFR突变的唯一关键成分。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂盒内还包括说明书，所述说明书记载如下评分模型：Score＝0.966×CST5+0.687×ENPP3+0.719×FNDC5+1.389×GLIS2+1.03×IFNLR1+0.472×LRRC31+1.057×PSPH+(‑1.429)×TNFRSF10B－7.008；上述评分模型中各基因代表的是基因表达变量，所述基因表达变量为基因表达量的矩阵数值log2变换，即基因表达量的log2(FPKM+1)值，当检测样本Score得分大于0时，则该检测样本存在EGFR突变；当检测样本Score得分等于或小于0时，则该检测样本不存在EGFR突变。3.根据权利要求2所述应用，其特征在于，所述检测样本为新鲜组织肿瘤样本。4.一种检测肺腺癌EGFR突变的试剂盒，其特征在于，至少包括特异性检测以下基因表达量的试剂：CST5、ENPP3、FNDC5、GLIS2、IFNLR1、LRRC31、PSPH和TNFRSF10B。5.一种用于非疾病诊断和治疗目的的检测肺腺癌EGFR突变的方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1：检测样本以下基因的表达量：CST5、ENPP3、FNDC5、GLIS2、IFNLR1、LRRC31、PSPH和TNFRSF10B；步骤2：根据评分模型计算Score值：Score＝0.966×CST5+0.687×ENPP3+0.719×FNDC5+1.389×GLIS2+1.03×IFNLR1+0.472×LRRC31+1.057×PSPH+(‑1.429)×TNFRSF10B－7.008；上述评分模型中各基因代表的是基因表达变量，所述基因表达变量为基因表达量的矩阵数值log2变换，即基因表达量的log2(FPKM+1)值；步骤3：判断：当检测样本Score得分大于0时，则该检测样本存在EGFR突变；当检测样本Score得分等于或小于0时，则该检测样本不存在EGFR突变。2CN115910204A说明书1/4页一种检测肺腺癌EGFR突变的基因组合物及其应用技术领域[0001]本发明涉及一种检测肺腺癌EGFR突变的基因组合物及其应用，属于分子诊断技术领域。背景技术[0002]肺癌是对人类健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一，其发病率和死亡率分别高居所有恶性肿瘤的第二位和第一位。而肺腺癌是当前最主要的肺癌病理亚型，已占据每年所有新发肺癌病例的近三分之二。[0003]近年来，随着基因及组织学等基础学科的进展，人们针对肺腺癌的分子机制有了更深入的理解。人们发现表皮生长因子受体(EGFR)突变是肺腺癌的主要驱动因素之一。肺腺癌患者EGFR突变率为50％左右，不吸烟肺腺癌患者可高达60％‑70％。EGFR基因突变通常发生在外显子18‑21，其中19外显子DEL缺失(约占45％)及21外显子L858R点突变(约占40％)最常见。[0004]目前临床EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR‑TKI)例如吉非替尼、阿法替尼、奥希替尼等已成为进展期且具有EGFR突变的肺腺癌患者的标准治疗方式。通过检测患