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(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115948594A(43)申请公布日2023.04.11(21)申请号202211097000.9(22)申请日2022.09.08(71)申请人中国长江三峡集团有限公司地址430010湖北省武汉市江岸区六合路1号(72)发明人李豪黄桂云邱利文胡梅香朱豪飞张广欣李翩翩(74)专利代理机构宜昌市三峡专利事务所42103专利代理师王玉芳(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)G16B20/20(2019.01)G16B20/50(2019.01)权利要求书1页说明书12页序列表(电子公布)附图4页(54)发明名称一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记,引物及其筛选方法(57)摘要本发明提供了一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记,引物及其筛选方法,通过5个驯化培育的耐淹乔木品种的质体基因组进行从头组装和13种野外原生种的重新注释、质体基因组的比对及系统发育分析,发现其具有非典型质体基因组结构,增进了对耐淹乔木物种间进化关系和杂交育种的研究。通过对耐淹乔木质体基因组的sIR评估、SNP及InDel分析,发现了耐淹乔木全质体基因组序列中的高度突变的区域,从而筛选出了5个分子标记,进而开发了5对引物,这5对引物可以用于鉴定耐淹乔木的抗逆性,有利于对耐淹乔木的遗传多样性和分子育种的研究。CN115948594ACN115948594A权利要求书1/1页1.一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记,其特征在于:所述分子标记为rpl36‑rpl2,ycf3‑atpF,rpoB‑ndhG,ndhG‑Interval(ycf2‑ycf1),Interval(ycf2‑ycf1)中的任意一种。2.根据权利要求1所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记,其特征在于:所述耐淹乔木为糠杉Cunninghamialanceolata(Normal),红心杉Cunninghamialanceolata(Red‑heart),柳杉Cryptomeriajaponicavar.sinensis,秃杉Taiwaniaflousiana,水杉Metasequoiaglyptostroboide中的任意一种。3.一种鉴定耐淹乔木抗逆性的引物,其特征在于:所述引物至少含有以下任意一对引物:引物对rpl36‑rpl2的核苷酸序列如SEQIDNO:1‑2所示;引物对ycf3‑atpF的核苷酸序列如SEQIDNO:3‑4所示;引物对rpoB‑ndhG的核苷酸序列如SEQIDNO:5‑6所示;引物对ndhG‑Interval的核苷酸序列如SEQIDNO:7‑8所示;引物对Interval(ycf2‑ycf1)的核苷酸序列如SEQIDNO:9‑10所示。4.根据权利要求3所述的引物在耐淹乔木抗逆性鉴定中的应用。5.一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法,其特征在于:包括以下步骤:(1)采集耐淹乔木的新鲜叶片,提取总基因组并测序,将测序合格的DNA样品随机打断构建文库,对文库进行双末端扫描测序获得原始数据;(2)将步骤(1)得到的原始数据采用BWA软件映射到参考质体基因组中,经组装、测序校正得到质体基因组;(3)将步骤(2)得到的质体基因组与野外原生种的质体基因组利用DOGMA重新注释,经更正、Contigs合并和去冗余得到全质体基因组;(4)将步骤(3)得到的全质体基因组与裸子植物的孑遗物种的质体基因组比对,根据孑遗物种保守的祖先IR区预测全质体基因组的IR区,并将其重新注释为sIR区;(5)将步骤(3)得到的全质体基因组进行系统发育分析、InDel分析和SNP分析,获得InDel位点和SNP位点信息;(6)结合步骤(4)得到的sIR区,步骤(5)得到的InDel位点和SNP位点信息,筛选耐淹乔木全质体基因组序列的高度突变区域,获取相关分子标记并进行引物开发。6.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法,其特征在于:步骤(2)所述的参考质体基因组为大果青扦Piceaneoveitchii和火炬松Pinustaeda的质体基因组。7.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法,其特征在于:步骤(3)所述的全质体基因组序列为MZ520130‑MZ520134。8.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法,其特征在于:步骤(4)所述的裸子植物的孑遗物种为银杏GinkgobilobaL.和苏铁CycasrevoluteThunb.;所述比对的软件为GeneiousR11。9.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法,其特征在于:步骤(5)所述的系统发育分析方法为最大似然法(ML),贝叶斯法(BI),最