一种构建牡蛎单倍型基因组的方法.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115992261A(43)申请公布日2023.04.21(21)申请号202211603430.3G16B20/40(2019.01)(22)申请日2022.12.13G16B30/00(2019.01)(71)申请人中国科学院海洋研究所地址266071山东省青岛市市南区南海路7号(72)发明人亓海刚王彦俊丛日浩李莉张国范(74)专利代理机构沈阳科苑专利商标代理有限公司21002专利代理师高笑何薇(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12Q1/6869(2018.01)G16B20/20(2019.01)G16B20/30(2019.01)权利要求书1页说明书8页(54)发明名称一种构建牡蛎单倍型基因组的方法(57)摘要本发明属于海洋生物基因组和分子遗传学领域，具体涉及到一种构建牡蛎单倍型基因组的方法。选取一个牡蛎雄性和一个雌性个体，人工构建全同胞家系并对后代进行常规养殖；将父本和母本个体分别进行高通量测序，鉴定父本特异性单核苷酸变异位点和母本特异性单核苷酸变异位点；后代个体养殖一年后，取一个体进行高通量测序；利用双亲特异性单核苷酸变异位点对后代个体的测序序列进行分组，获得父源后代序列和母源后代序列；将父源和母源后代序列分别进行组装，获得父源和母源单倍型基因组。应用该方法获得长牡蛎和福建牡蛎高质量单倍型基因组，BUSCO评估基因组的完整性大于93％，表明该方法获得的牡蛎单倍型基因组质量较高。CN115992261ACN115992261A权利要求书1/1页1.一种构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于，(1)选取牡蛎雌性和雄性个体，人工构建全同胞家系并对后代进行常规养殖；(2)后代个体养殖一年后，取一个体进行长序列高通量测序；(3)对全同胞家系的母本和父本个体分别进行短序列高通量测序；(4)利用后代测序序列进行初步组装；(5)将亲本序列比对到初步组装，鉴定亲本特异性单核苷酸变异位点；(6)利用亲本特异性单核苷酸变异位点对后代个体的测序序列进行分组，获得父本来源和母本来源的长序列；(7)将两个亲本来源的长序列分别进行组装，获得两个单倍型基因组序列。2.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述步骤(1)在牡蛎繁殖季节期收集壳高>5cm的一龄或者二龄牡蛎雌性和雄性个体若干，待用；其中，雌、雄牡蛎可以是同种牡蛎，也可为不同种牡蛎。3.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述步骤(2)取一个体进行长序列高通量测序；其中，长序列高通量测序采用PacBio公司的SMART测序模式获得ccs序列，测序深度不低于60×。4.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述步骤(3)中短序列高通量测序深度均不低于50×，而后对雌、雄亲本个体的基因组大小、杂合度和重复序列比例进行估算。5.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述步骤(4)以步骤2中获得的子代个体序列为输入，进行拼接，拼接后完整性需要达到CompleteBUSCOs(C)指标值不低于85％。6.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：将步骤(3)亲本的测序序列分别与步骤(4)获得基因序列进行比对，根据比对信息鉴定亲本特异性单核苷酸变异位点。7.根据权利要求书6所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述亲本特异性单核苷酸变异位点为在两个亲本中基因型不同，且后代中存在亲本特异性等位基因的SNV基因型组合；其中，SNV基因型组合形式：(1)FF×MM，F为父本特异，M为母本特异；(2)FF×FM，F不能判定来源，M为母本特异；(3)FM×MM，F为父本特异，M不能判定来源；其中F和M代表基因组DNA四种组成碱基A、C、G和T。2CN115992261A说明书1/8页一种构建牡蛎单倍型基因组的方法技术领域：[0001]本发明属于海洋生物基因组和分子遗传学领域，具体涉及到一种构建牡蛎单倍型基因组的方法。背景技术：[0002]牡蛎等海洋贝类的基因组比较复杂，常规基因组组装策略无法获得高质量的单倍型基因组。随着测序技术的发展，测序的成本下降较快，数据的产出量和测序序列的长度均有所增加，但是一般情况下牡蛎等二倍体生物基因组的常规拼接组装无法获得两套全单倍型基因组序列，获得的是两套全单倍型基因组序列的马赛克嵌合形式，无法实现全基因组序列的定相，制约了基因组序列在单倍型鉴定、结构变异检测、比较基因组和连锁不平衡等遗传学分析中的应用。目前对牡蛎等贝类复杂基因组进行单倍型组装尚未有成熟有效的方法和策略。发明内容：[0003]本发明目的在于提供一种构建牡蛎单倍型基因组的方法。[0004]为实现上述目的，本发明