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本发明公开了一种斑鳜雄性分子标记引物,所述引物为引物对N1或引物对N2,所述引物对N1包括Contig?1上游引物和Contig?1下游引物,所述引物对N2包括Contig?2上游引物和Contig?2下游引物,所述Contig?1上游引物、Contig?1下游引物、Contig?2上游引物和Contig?2下游引物的核苷酸序列分别如SEQIDNO:1~SEQIDNO:4所示。该引物可对斑鳜的性别进行快速准确地鉴定。还公开了一种鉴别斑鳜性别的方法,该方法耗时短,效率高。本发明还进一步公开了上述斑鳜雄性分子标记引物、方法在斑鳜全雌性育种以及全雌杂交鳜育种方面的应用。