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本发明提供核酸检测系统及其应用,所述核酸检测系统是用于检测样品中的靶核酸的核酸检测系统,其包含形成液体流路的第1腔室~第4腔室,液体从所述第1腔室流至所述第4腔室,其中,所述第1腔室包含用于插入附着有样品的拭子的拭子入口,所述第2腔室包含用于对样品进行热灭活和裂解的试剂,所述第3腔室包含对所述靶核酸进行等温扩增的试剂,和所述第4腔室包含用于与所述靶核酸进行CAS酶反应和侧向流检测的测试条。