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本发明提供一种灵芝富硒牛蒡根发酵茶的制备方法,其步骤如下:1)制备种子液;2)制备富硒发酵培养基:将灭菌后的富硒液添加到无菌水中,添加经机械破壁后的牛蒡根粉;3)制备富硒发酵液:将种子液以12~18%的比例(v/v)接种至步骤b的富硒发酵培养基中;4)收集菌丝培养基:将发酵好的富硒发酵液进行菌丝培育;5)制备灵芝富硒牛蒡根发酵茶:将菌丝培养基进行高温杀菌及烘干处理,直至含水率小于等于8%后,得到灵芝富硒牛蒡根发酵茶;本发明把无机硒通过生物转化成利于人体吸收的有机硒,同时利用灵芝菌丝的多糖、高蛋白质、低脂肪的特性和牛蒡根的促进代谢和吸收特性,使菌丝茶具有补肾、壮阳、补脑、提神、减衰老的效果。