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本发明公开了一种农杆菌转化裂殖壶菌的方法和应用,所述转化方法是将外源基因导入农杆菌,利用农杆菌将外源基因导入裂殖壶菌,使裂殖壶菌获得相关外源基因的功能。本发明将转入G418抗性基因表达盒的农杆菌AGL?1与裂殖壶菌HX?308共培养,使得外源基因成功转化到裂殖壶菌HX?308,并实现基因的定点敲除。本发明实验操作非常简单,有效节约了时间和成本,不仅可以实现农杆菌转化裂殖壶菌,更重要的可以实现基因敲除,通过基因敲除,可以在裂殖壶菌体内构建了一套完整的遗传操作系统。本发明使用较短的同源臂即可完成定点整合,在一般的真菌转化中可能需要2?3kb的同源臂,为简化裂殖壶菌的遗传操作奠定了基础。